R/ Sweave论点

Question

我用R和Sweave来生成报告。

R CMD横波MyReport.Rnw

我希望能够向R代码发送参数，因为报告当然是“动态”.So，我希望能够这样做：

R CMD SWeave MyReport.Rnw PatientId=5

...and让R代码读取变量中的PatientId值.

我该怎么做？有人提到使用环境变量，但这似乎是一个不优雅的解决方案。

Answer 1

要获得从R命令行传递的参数，可以使用函数commandArgs()，但不幸的是，R CMD Sweave不支持额外的命令行选项。但是，您仍然可以通过R -e调用Sweave。

R -e "Sweave('MyReport.Rnw')" --args PatientId=1

在MyReport.Rnw中，您可以在commandArgs(TRUE)上进行一些文本处理，在本例中为您提供了一个字符串PatientId=1。

但我认为更好的做法是直接在R脚本中使用函数Sweave()；例如，在本例中，您可以在脚本中编写流程，如

PatientId <- 1
Sweave("MyReport.Rnw")

在MyReport.Rnw中，直接使用全局变量PatientId。如果要生成一系列报告，甚至可以为PatientId使用一个循环。

Answer 2

您需要“写入”可以“读取”的值：

如前所述，使用sys.getenv()

• configuration或数据文件可以轻松读取
• 环境变量，您可以读取
• 数据库存储

。

等. pp.回想一下，R代码是真正执行的，因此您始终可以执行两个步骤：

rScriptOne.r                   # write to foo.txt
R CMD Sweave MyReport.Rnw      # reads from foo.txt