在R中使用带有nls对象的deltaMethod时出错

Question

我试图在deltaMethod库中使用car，但是我得到了一个奇怪的错误。

library(car)
x=c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4, 4, 5, 5, 5, 5, 6, 6, 6, 6, 7, 7, 7, 7, 8, 8, 8, 8, 9, 9, 9, 9, 10, 10, 10, 10, 11, 11, 11, 11)
y=c(-0.78636545259908996, -0.48499513735893701, -0.61035206318152102, -0.60156864486986295, -0.61323703005521701, -0.33091952573467498, -0.269895273193686, -0.32222378534205598, -0.53183084634683997, -0.96631869084439304, -0.77105781684519603, -0.524039870915605, -0.41181303531095498, -0.27581842299642001, -0.72085673574325404, -0.35874718580022702, -0.30752543764527501, -0.090745334342823197, -0.465889655296298, -0.20115970219526799, -0.0511742487116199, 0.0100170907454752, -0.176138595601495, 0.042138062483845398, 0.00081247733328697303, -0.0045220167465173499, 0.57326735553016905, 0.116862163616526, 0.0072264835163109399, 0.48714531471859701, 0.83738659120408598, 0.83740077959237003, 0.48762419789728001, 0.20072016467283199, 0.56916547038663201, 0.14651949468445999, 0.575517323481333, 0.72715907067082697, 0.99958886855260898, 0.36070109242748599, 0.49335611371191601, 0.27098248212991599, 1.28001727666798, 0.36192955257384501)
gdat=data.frame(x,y)
fit=nls(y~a+b*(exp(-exp(s*(x-m)))),data=gdat,start=list(a=-0.5,b=1,s=-0.6,m=5))
deltaMethod(fit,"m-s*log((1/0.05)-1)")

我得到的错误是：Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'ParaParam43' not found

在试图解决这个问题时，我注意到了几件事：

• -- ParaParam更改后的数字--取决于询问
• 的参数--它与lm对象一起工作，尽管在上面的示例中我还没有尝试过其他受支持的对象--
• ，deltaMethod(fit,"m")工作，但其他参数都不起作用。这可能是因为只有m在names(fit)中。显然，默认方法使用的是names(fit)而不是coef(fit) (对于其他类型的对象)，那么该方法是否没有将fit识别为nls对象呢？我需要告诉deltaMethod预期的对象类型吗？

我以前在现在不推荐的alr3 delta.method中使用了它，没有问题，但是现在它也会出现同样的错误。

有人有什么想法吗？

我使用的是R版本2.13和car版本2.0-10

谢谢

Answer 1

这是deltaMethod.default方法中的一个错误，应该向R开发团队报告。

出现此错误的原因在于代码中的以下几行：

for (i in seq(along = para.names)) {
    g <- gsub(para.names[i], std.names.ordered[i], g)
}

这种替换事物的非常神奇的方式使得所有参数都是名字，任何来自Param的字母都会导致代码返回一些不需要的东西。它应该做的是将para.name (本例中的“s”)更改为"Paramx“。当它在上面循环时，它会将"s“改为"Param3"，然后将"Param3”改为"ParaParam43"，因为它将"m“替换为"Param4”。

显而易见的解决方案是重命名参数：

library(car)
x=c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4, 4, 5, 5, 5, 5, 6, 6, 6, 6, 7, 7, 7, 7, 8, 8, 8, 8, 9, 9, 9, 9, 10, 10, 10, 10, 11, 11, 11, 11)
y=c(-0.78636545259908996, -0.48499513735893701, -0.61035206318152102, -0.60156864486986295, -0.61323703005521701, -0.33091952573467498, -0.269895273193686, -0.32222378534205598, -0.53183084634683997, -0.96631869084439304, -0.77105781684519603, -0.524039870915605, -0.41181303531095498, -0.27581842299642001, -0.72085673574325404, -0.35874718580022702, -0.30752543764527501, -0.090745334342823197, -0.465889655296298, -0.20115970219526799, -0.0511742487116199, 0.0100170907454752, -0.176138595601495, 0.042138062483845398, 0.00081247733328697303, -0.0045220167465173499, 0.57326735553016905, 0.116862163616526, 0.0072264835163109399, 0.48714531471859701, 0.83738659120408598, 0.83740077959237003, 0.48762419789728001, 0.20072016467283199, 0.56916547038663201, 0.14651949468445999, 0.575517323481333, 0.72715907067082697, 0.99958886855260898, 0.36070109242748599, 0.49335611371191601, 0.27098248212991599, 1.28001727666798, 0.36192955257384501)
gdat=data.frame(x,y)
fit=nls(y~d+b*(exp(-exp(s*(x-k)))),data=gdat,start=list(d=-0.5,b=1,s=-0.6,k=5))
deltaMethod(fit,"k-s*log((1/0.05)-1)")

无错误地运行。

Answer 2

哇，追踪到这是个有趣的虫子.

如果您查看deltaMethod.default，您将看到它使用gsub将参数的名称更改为“Param1”之类的内容

g <- gsub(para.names[i], std.names.ordered[i], g)

在一个循环中。因为您有一个名为“m”的参数，所以在'Param1‘中有一个'm’！这解释了你所犯的错误。将参数从“m”更改为“z”允许代码为我运行。

我建议将此信息与包作者联系。