读取多个.gpx文件

Question

假设我有许多.gpx文件(这些文件包含来自Garmin eTrex的GPX路径点数据)。我想用不同的名字把它们加载到R中，然后操纵它们。

因此，我可以读取一个文件：

library(maptools)
gpx.raw <- readGPS(i = "gpx", f = "file1_w_12_f_ddf.gpx", type="w")

假设我想将其中的一些读入内存。我可以尝试一个for循环：

files <- list.files(".",pattern = "*.gpx")
for(x in files){

    #Create new file name
    temp <- strsplit(x,"_",fixed=TRUE)
    visit.id <- sapply(temp,FUN=function(x){paste(x[1],x[4],substr(x[5],1,3),sep="_")})

    #read file with new filename
    assign(visit.id, readGPS(i = "gpx", f = x, type="w"))
}

运行以上程序将产生以下错误：

read.table中的错误(con <- textConnection(gpsdata)，fill = TRUE，.)：除了输入之外没有可用的行:警告消息:运行命令'C:\PROGRA~2\GPSBabel\gpsbabel.exe -w -i gpx -f file1_w_12_f_ddf.gpx -o tabsep -F -‘有状态1

请注意，我能够单独读取该文件，因此它似乎与文件本身无关，只与循环中运行readGPS无关。

一般来说，我仍然觉得R如何对待像x这样的变量是非常令人困惑的。我不知道如何从独立实例readGPS修改参数f = "file1_w_12_f_ddf.gpx"：是x，还是f = x，还是f = "x"，或者什么？或者问题是打电话给GPSBabel.

我在下面包含了一个示例文件，这样您就可以将它复制到文本编辑器中，并保存为.gpx。两次用不同的名字试一试。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<gpx
 version="1.0"
 creator="GPSBabel - http://www.gpsbabel.org"
 xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
 xmlns="http://www.topografix.com/GPX/1/0"
 xsi:schemaLocation="http://www.topografix.com/GPX/1/0 http://www.topografix.com/GPX/1/0/gpx.xsd">
 <time>2010-09-14T18:35:43Z</time>
 <bounds minlat="18.149888897" minlon="-96.747799935" maxlat="50.982883293" maxlon="121.640266674"/>
<wpt lat="38.855549991" lon="-94.799016668">
<ele>325.049072</ele>
 <name>GARMIN</name>
 <cmt>GARMIN</cmt>
 <desc>GARMIN</desc>
 <sym>Flag</sym>
 </wpt>
 <wpt lat="50.982883293" lon="-1.463899976">
 <ele>35.934692</ele>
 <name>GRMEUR</name>
 <cmt>GRMEUR</cmt>
 <desc>GRMEUR</desc>
 <sym>Flag</sym>
 </wpt>
 <wpt lat="25.061783362" lon="121.640266674">
 <ele>38.097656</ele>
 <name>GRMTWN</name>
 <cmt>GRMTWN</cmt>
 <desc>GRMTWN</desc>
 <sym>Flag</sym>
 </wpt>
 </gpx>

注意:要运行readGPS，您需要在PATH变量中安装和引用开源GPSBabel程序。

Answer 1

原来代码很好，问题是文件名。GPSBabel不喜欢带有空格的名称。所以"1_San JoséBaldi_Pernam_14_sep.gpx“是个问题，"1_San_José_Baldi_Pernam_14_sep.gpx”不是。

Answer 2

弗雷德,

安装GPSBabel并更新PATH变量后，代码段运行良好。我有两个对象名为test1.gpx_NA_NA和test2.gpx_NA_NA，三个观察对象有28个变量。是那么回事吗？我认为文件名中的NA位是由于您如何定义visit.id和我的测试文件名不符合该范例。

你在R的新例子上试过这个吗？

FWIW，我可能会将所有这些文件读入一个列表对象中。我发现处理list对象比让许多不同的对象在周围浮动更容易。例如,

files <- dir(pattern = "\\.gpx")
#Replace all space characters with a "_". Replace with the character of your choice.
lapply(files, function(x) file.rename(from = x, to = gsub("\\s+", "_", x)))

#Reread in files with better names:
files <- dir(pattern = "\\.gpx")
out <- lapply(files, function(x) readGPS(i = "gpx", f = x, type = "w"))
names(out) <- files

out现在是一个包含2的列表，其中每个对象都是一个data.frame，其中包含以前与其关联的文件的名称。使用*apply家族的东西也有好处，留下了干净的工作空间。使用for-循环会导致x、temp和visit.id挂起后缀。您可以将它们封装到一个函数调用中，但我认为，只使用lapply会更直接。