Linux中的粒子可视化

Question

我已经生成了该计划的文件

X \t y \t z \t电荷\t类型\t id

我想用类似于这张图片的方式来展示它们：

我还需要有能力浏览我的模拟空间(旋转它和放大)。我试过rasmol和pymol，但是他们不使用我简单的文件格式。

还有其他我没有找到的工具来做这个吗？编辑:解决方案我已经创建了一个小程序来将我的数据转换成xyz格式。

Answer 1

可能更容易将程序更改为以一种常见格式输出数据，如

XYZ：%28格式%29

格罗：http://manual.gromacs.org/current/online/gro.html

或者，创建一个很小的程序来将数据转换成一种常见的格式。这比从头开始创建可视化程序要少得多。

Answer 2

您可以使用mayavi2 point3d函数绘制这样的图。或任何其他基于vtk的软件。Mayavi2允许您浏览您的3D空间，并允许立体渲染(按下 "3")。

import enthought.mayavi.mlab as mlab
from numpy.random import random
mlab.point3d(random(1000), random(1000), random(1000),range(1000))

​

​

Answer 3

Pymol能够很好地处理这类数据。在您的例子中，您只需将每个点转换为一个球面，这样做如下

pseudoatom BEAD3, pos=[26.8600, 79.4690, 135.9360], b=-67.927313
cmd.show("spheres","BEAD3")

对我来说效果很好。