从rJava开始从哪里开始？

Question

我不是Java程序员。我编写了R和C++程序。我有一些java代码，我想包含在一个R包中。该方案的基本内容如下：

1. 从标准输入读取数据。
2. 运行MCMC链.
3. 输出到文件.

我想把它转换成R，在那里我可以从R运行程序，我熟悉Rcpp软件包，并且习惯了它的一些便利之处。从哪里开始使用rJava包来学习使用这段代码。

具体来说，我有以下问题。

1. 如何从R向java传输数据，例如数字向量、因子等。如何运行类的方法？
2. ，如何将java代码包含在包中？

rJava文档不是很有用。有人有这方面的教程吗？

Answer 1

有一种“简单”的方法可以做到这一点，也有一种更难的方法来做到这一点。我是一个简单的人，所以我倾向于简单的解决方案：

myCommand <- paste("/path/to/java", argument1, argument2, sep=" ")
system(shQuote(myCommand))

然后使用任何R函数读取输出文件。

更难的解决方案是编辑Java代码，这样它就不会从stdin读取，而是传递一个向量或其他Java对象。对于如何修改Java代码，我不能一概而论，但是如果Java函数最终需要得到一个向量，您可以这样做：

.jinit()
v <- .jnew("java/util/Vector")
rVector <- as.character(1:10)
addToV <- function( item ){
  v$add( item )
}
sapply(rVector, addToV)

正如您在上面看到的，我总是发现在rJava中处理类型是一个相当大的麻烦。

节省大量时间的一个技巧是:当您在rJava中创建了一个Java对象时，您可以通过键入名称、一个美元符号，然后点击选项卡，找出它的方法。因此，使用上面创建的v对象类型"v$“，您应该得到以下内容：

1> v$
v$add(                 v$hashCode()           v$contains(            v$size()               v$elementAt(           v$capacity()           v$containsAll(         v$firstElement()       v$removeElement(       v$iterator()           v$wait()
v$get(                 v$clone()              v$isEmpty()            v$toArray()            v$remove(              v$ensureCapacity(      v$removeAll(           v$insertElementAt(     v$removeElementAt(     v$listIterator()       v$getClass()
v$equals(              v$indexOf(             v$lastIndexOf(         v$toArray(             v$elements()           v$trimToSize()         v$retainAll(           v$lastElement()        v$setElementAt(        v$listIterator(        v$notify()
v$toString()           v$clear()              v$addAll(              v$addElement(          v$set(                 v$subList(             v$copyInto(            v$removeAllElements()  v$setSize(             v$wait(                v$notifyAll()
1> v$

祝你好运，如果你有特别的障碍，一定要大喊大叫。

Answer 2

这包括在扣减插件开发文档中。虽然它面向扩展扣减额的包，但有些部分是通用的。

在R：http://www.deducer.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Main.Development#wwjoir中运行java方法

将R对象引入java并使用java代码创建包：http://www.deducer.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Main.Development#suaptijc

充分披露:扣减是我的项目。