使用dismo包创建生物气候变量的问题

Question

我想得到所有的生物气候变量，未来的情况下，为物种分布模拟。因此，我使用worldclim数据库中的三个变量在"dismo“包中运行"biovars”函数，并得到了一个由12层组成的RasterBrick：

prec<-stack(paste(getwd(),"/prec_2080/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_prec_",1:12,".bil",sep=""))
tmin<-stack(paste(getwd(),"/tmin_2080/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_tmin_",1:12,".bil",sep=""))
tmax<-stack(paste(getwd(),"/tmax_2080/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_tmax_",1:12,".bil",sep=""))
x<-biovars(prec=prec,tmin=tmin,tmax=tmax)
 x
class       : RasterBrick 
dimensions  : 3600, 8640, 12  (nrow, ncol, nlayers)
resolution  : 0.04166667, 0.04166667  (x, y)
extent      : -180, 180, -60, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
projection  : NA 
values      : C:/DOCUME~1/Marco/LOCALS~1/TMP/R_raster_tmp/raster_tmp_8984740455.grd 
min values  :     42 -65458  -1017      0     71      0 -65439     22     23     56 ... 
max values  :  65456    213      1  34159  65534  65513  65534  65507  65503  65518 ... 

然而，我认为应该有19个生物变量。正如你提到的，除了生物，还有更多的争论，但我不知道它们是什么。我可以请您帮个忙吗？

另一个问题是，我写这些变量时出错了：

writeRaster(x,paste(getwd(),"/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_1.grd",sep=""))

dim(res) <- c(ncols，raster@data@nlay*nrow)中的

错误: dims产品933120与对象889920的长度不匹配

而且，当我试着一条一条地写它们时，我得到了以下错误：

for (i in 10:12) {
writeRaster(x[[i]],paste(getwd(),"/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_",i,".grd",sep=""),overwrite=TRUE)
}

错误的结果是，i <- readBin(raster@file@con，what = dtype，n= ncols，：替换长度为零)

这三个输入变量具有相同的维度，例如：

prec
class       : RasterStack 
dimensions  : 3600, 8640, 12  (nrow, ncol, nlayers)
resolution  : 0.04166667, 0.04166667  (x, y)
extent      : -180, 180, -60, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
projection  : NA 
min values  : 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
max values  : 65535 65535 65535 65535 65535 65535 65535 65535 65535 65535 ... 

有人能解释原因吗？提前感谢~

Answer 1

这确实是个错误。它已经固定在0.5-19版本，它应该可以在24小时内从R-Forge和从CRAN很快。RH

Answer 2

在过去，我发现这个函数也有同样的问题，所以现在我看得更深了一些。biovars的帮助页面声明它将接受三个参数，即向量、矩阵或栅格堆栈/砖块。对于这三种情况，参数的长度、宽度或深度分别为12个月，而返回值的长度、宽度或深度为19。

3个向量参数的帮助页示例返回19个值的向量。这个很好用。

tmin.V <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12)
tmax.V <- tmin.V + 5
prec.V <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0)
biovars(prec.V, tmin.V, tmax.V)

一个包含三个2x12矩阵的示例返回一个2x19矩阵，也可以很好地工作。

tmin.M <- rbind(tmin.V, tmin.V+1)
tmax.M <- rbind(tmax.V, tmax.V+1)
prec.M <- rbind(prec.V, prec.V+1)
biovars(prec.M, tmin.M, tmax.M)

但是有了栅格堆和栅格砖，你就得不到19个值。我相信这是个窃听器。我对来自biovars的真实*.bil数据运行了worldclim.org，并复制了12值答案的结果。我尝试使用下面的虚拟代码来返回一个错误(不清楚原因)，但是如果您想详细地向R.Hijmann解释您的问题，可能会很有用。当我使用已裁剪的worldclim *.bil数据调用biovars时，也会遇到同样的错误。

dup12 <- function(clim.M) {
  raslist = list()
  for(i in 1:12) raslist = c(raslist, raster(clim.M))
  do.call(stack, raslist)
}
tmin.S <- dup12(tmin.M)
tmax.S <- dup12(tmax.M)
prec.S <- dup12(prec.M)
biovars(prec.S, tmin.S, tmax.S)

Error in v[tr$row[i]:(tr$row[i] + tr$nrows[i] - 1), ] <- p : 
  number of items to replace is not a multiple of replacement length