如何可视化基因网络和基因簇群？

Question

我在研究生物数据，也就是基因群。例如：

group 1: geneA geneB geneC
group 2: geneD geneE
group 3: geneF geneG geneH

对于每一对基因，geneX和geneY，我都有一个分数，说明这两个基因有多相似(实际上，我有两个分数，因为我使用了BLAST，它是“定向的”：我首先根据所有其他基因搜索geneX，然后针对所有其他基因搜索geneY，所以我有两个geneX--geneY分数，但我想我可以取两个较低的分数，也就是平均值)。

那么，假设我每对基因只有一个分数。我的数据可以看作是一个无向图：

​

回想一下每一个边缘都有一个分数附加在上面。

现在，我想做的是：

1. 交互式地可视化我的数据:能够点击基因节点并打开连接到它们的链接，只显示某个阈值以上/以下的边缘，控制网络如何“传播”等等。
2. 聚在一起的组是相似的，也就是有相似基因的组。

我该怎么做呢？我想这是基本的集群，我希望在这里对软件包/软件有任何帮助。

谢谢。

Answer 1

如果您在BioStar (生物信息学stackexchange )询问这个问题，您可能会得到更好的响应。具体来说，这篇文章中的许多答案可能是相关的：

用有向图(网络)表示生物通路的最佳软件是哪一个？

Answer 2

你可以试试会社。您必须将您的三元组(gene_1、gene_2、相似性)转换为一个矩阵，并使用“s群集”。