XML：：Perl中的智能解析器

Question

我继续使用过时的生物信息学书籍，并尝试使用XML：：智能模块。

我怀疑该模块的方法在过去6年中发生了变化，而且我对perl缺乏从cpan源进行故障排除的经验。注释掉的代码证明了ncbi.gov查询函数，我在使用'new‘方法时遇到了麻烦--它没有解析XML。我做错了什么？谢谢!

具体而言，更新在解析和显示Id数组时遇到了问题：在OSX终端上运行，运行此脚本时没有看到任何Id。我看到的是正确的计数。谢谢!

#!/usr/local/bin/perl
# use lib "/Users/fogonthedowns/myperllib";
# use LWP::Simple;
use XML::Smart;
use strict;

#Set base URL for all eutils
my $utils = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils";
my $db = "Pubmed";
my $query ="Cancer+Prostate";
my $retmax = 10;
my $esearch = "$utils/esearch.fcgi?" . 
              "db=$db&retmax=$retmax&term=";

# my $esearch_result = get($esearch.$query);
# print "ESEARCH RESULT: $esearch_result\n";
# print "Using Query: \n$esearch$query\n";
# print "hello world\n";

my $results = XML::Smart->new($esearch.$query,"XML::Parser");
my $count = $results->{eSearchResult}{Count};
my @Id = $results->{eSearchResult}{IdList}{Id}{'@'};
my $all_Id = join("\n", @Id);

print "Count = $count\n";
print "$all_Id\n";

Answer 1

您做错的第一件事是注释掉use strict，第二件是使用-w而不是use warnings。

有了严格的打开，perl将报告：

tmp:test.pl第19行中使用的“严格子”不允许使用Bareword“XML：：解析器”。

这使我们能够追踪问题发生的地点。

应该引用第二个参数(要使用的解析器)的文档中的例子说，但您还没有引用它。

因此，我们改为：

my $results = XML::Smart->new($esearch.$query,"XML::Parser");

…然后它就跑了。

(顺便说一句，这种语言被称为"Perl"，而不是"perl“或"PERL”)

Answer 2

改变：

my @Id = $results->{eSearchResult}{IdList}{Id}{'@'};

至：

my @Id = $results->{eSearchResult}{IdList}{Id}('@');