R和HDF5故障

Question

我试图将一个hdf5加载到R中，并遇到一些问题。下面是我为配置环境所采取的步骤：

Mac 10.6 macports

• hdf5_1.6.9.tar.gz

• hdf5 1.8.3上的
• R 2.10.0 (x64)

我怀疑我所遇到的问题与我版本的HDF5和R模块所期望的不兼容有关。为了完整起见，我是如何安装R模块的：

安装--configure-vars='CPPFLAGS=-I/opt/local/include‘--配置-args=’-with-hdf5 5=/

/‘hdf5_1.6.9.tar.gz

这个造得很好。库似乎没有问题地加载，但是当我试图加载一个文件时，没有返回数据：

库(Hdf5)

hdf5load("test.h5")

空

然而，

osx:data scott$ h5dump test.h5 HDF5 "test.h5“{ GROUP "/”test.h5“{ DATATYPE H5T_STD_I32LE DATASPACE SIMPLE {( 31 )/( 31 )} DATA { (0)：1，2，4，8，16，32，64,128,256,512,1024,2048,4096,8192，(14)：16384,32768,65536,131072,262144,524288,104857，2097152，(22)：4194304,8388608,16777216,33554432,67108864,134217728，(28)：268435456,536870912,1073741824 }

有什么想法吗？

提前谢谢。

Answer 1

在verbosity中使用hdfload()参数，并使用ls()检查环境。hdfload()有一个副作用，它将表加载到当前环境中，NULL是默认返回值。如果使用参数load=TRUE，则对象作为命名列表的组件返回：

• load：--逻辑值.如果“FALSE”，则将对象作为命名列表的组件返回。如果'TRUE‘(默认值)，则将对象作为带有自己名称的单个变量加载--在这种情况下，函数不返回任何内容。

在我的Mac电脑上，所有东西都可以在相同的设置下很好地工作。

R> rm(list=ls())
R> ls()
character(0)
R> hdf5load("TestHDF5.h5", verbosity=3)
hdf5_global_verbosity=3 load=1
Processing object: Dataset0 ...... its a dataset...Dataset has ID335544326
Dataset has tid 201326902
Dataset has space id 268435467
Dataset has rank 1
Dataset has dims/maxdims: 1 / 1 
Allocating vector with rank=1 dim=1
calling vector_io. Hangs here with big datsets
Setting buffer size in plist
About to read with bufsize = 50
in string_ref: count=1, size=25 srcbf=25
leaving string_ref
 Done read
in vector_io: permuting
in vector_io: tidying
Phew. Done it. calling iinfo->add
Rank > 1 or not VECSXP
Calling  hdf5_load_attributes 
back from  hdf5_load_attributes 
...Finished dataset 
Processing object: Table0 ...... its a dataset...Dataset has ID335544327
Dataset has tid 201326906
Dataset has space id 268435468
Dataset has rank 1
Dataset has dims/maxdims: 1 / 1 
Dataset has type = VECSXP and rank 1
Reading...
....done
in string_ref: count=1, size=25 srcbf=25
leaving string_ref
...Finished dataset 
NULL
R> ls()
[1] "Dataset0" "Table0"

Answer 2

您也可以在CRAN上尝试h5r包。此包使用新的hdf5库，并提供比hdf5库更多的功能。