调试littler/Rscript

Question

如何调试从命令行运行的Rscripts？

我目前正在使用getopt包来传递命令行选项，如果有错误，我很难：

1. 查看到底出了什么问题；
2. 在R中进行交互调试(因为脚本需要命令行选项)

。

有谁有示例代码并愿意共享吗？

Answer 1

您可以将命令行参数传递到与-args交互的shell中，然后将脚本源(‘’)。

$ R --args -v

R version 2.8.1 (2008-12-22)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

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Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

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Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> require(getopt)
Loading required package: getopt
> opt = getopt(c(
+ 'verbose', 'v', 2, "integer"
+ ));
> opt
$verbose
[1] 1
> source('my_script.R')

现在可以使用旧的browser()函数进行调试。

Answer 2

我要么使用老式的打印报表，要么使用交互式分析。为此，我首先使用save()保存状态，然后将其加载到交互式会话中(为此使用Emacs/ESS)。这允许在逐行的基础上使用脚本代码进行交互工作。

但是，在部署到较少的脚本之前，我通常先以交互模式编写/测试/调试代码。

Answer 3

另一个选项是使用选项(错误)功能。下面是一个简单的例子：

options(error = quote({dump.frames(to.file=TRUE); q()}))

在错误条件下，您可以创建任意详细的脚本，因此您应该决定调试所需的信息。

否则，如果有您所关注的特定区域(例如连接到数据库)，那么将它们包装在tryCatch()函数中。