为BRCAPRO癌症基因风险计算引擎编写GUI

Question

我认为这是一个关于堆栈溢出的完全独特的问题。首先是一些背景：

我被要求在一个名为BRCAPRO (BRCAPRO)的计算引擎上编写一个新的GUI。BRCAPRO基于一个名为BayesMendel的软件实现了一个门德尔计算模型。BRCAPRO计算是专门从事癌症治疗的医生和外科医生用来向病人展示的：

• 根据他们的基因和家族史被诊断出癌症的可能性。
• 根据不同的治疗形式和/或这些治疗开始的年龄，预期寿命的变化。

我已经做了足够的研究，知道BRCAPRO公式太复杂，无法在我自己的代码中合理地实现。

目前有一个名为CancerGene：http://www8.utsouthwestern.edu/utsw/cda/dept47829/files/65844.html的著名软件包(对癌症医生来说)。这个程序很老，运行在Windows 95上，包括计算我的客户不使用的几种癌症的引擎。理想情况下，我的客户希望他的应用程序在网络上运行，这样他就可以轻松地与其他医生共享信息。

我的任务是以构建在BRCAPRO引擎上的CancerGene应用程序为例，并且：

1. 重复其90%的功能
2. 删除不必要的功能
3. 修改报表的输出
4. 如果可能的话，让它以网络为基础

现在我的问题是：

有没有人知道如何对BRCAPRO进行编码？我搜索了两天，没有发现任何API文档或任何类型的开发信息。维基百科说，BayesMendel建模软件是用R编写的，但我不知道BRCAPRO是用什么写的。我对R一点也不了解。

为了明确起见，我不需要修改BRCAPRO的行为或计算引擎。我只需要知道如何给它输入，这样它就能将数字返回给我。

-编辑以增加更多信息--

我在上面的链接中下载了CancerGene应用程序并安装了它。有少量的文档，包括BRCAPRO期望接收的数据格式。BRCAPRO没有进入不必要的细节级别，而是期望矩阵格式的数据，其中每一列代表一个遗传特征，每一行代表一个家庭成员。现在，我只需要知道如何将这个矩阵传递给BRCAPRO引擎，一旦我从Web/Windows表单中收集到它。

这里希望这里有几个医生/开发人员在堆栈溢出！

KN

Answer 1

根据此链接

BRCAPRO模型现在包含在用于载流子概率sic预测的R包BayesMendel中。

所以看起来你是用R。

BayesMendel文档包至少可以让你开始工作。虽然看起来你得学R :)

Answer 2

我认为没有人能够将完整应用程序的代码放入一个很小的窗口中，但我将根据我如何处理这个问题给您一些想法：

1. R
2. 套餐 --这包括BRCAPRO例程
3. RPy --一个Python桥
4. 编写代码，将数据导入R，将其转换为数据帧和BayesMendel
5. 将BayesMendel的分析输出桥接到类所编写的
6. 类在GUI中的，使用许多Python框架中的任何一个

这是对一种方法的概述。

这种方法的好处是，它应该可以很容易地结合在一起，并与新的BRCAPRO特性保持同步。