eval中的错误(家庭$初始化，rho)：y值必须是0 <= y <= 1当拟合GLMM时

Question

尝试拟合一个GLMM，它包含了等效药和种群的随机效应，包括固定的效应和测试的交互作用：

雄性和女性是否有不同的耐热性?来自不同地区的

• Do蝇具有不同的耐热性？

• 的基础和硬化处理是否不同，即两个区域之间是否存在适应效果差异？

• ，驯化效果在两性之间是否不同？

<编码>H 111这两个区域之间的性别效应不同吗？H 212G 213>

我还需要使用“个人水平随机效应”，它包含在我的代码中：

datheat$replicateID = factor(1:nrow(datheat))

mod = glmer(Survival ~ sex + region + treatment + treatment*region + 
treatment*sex + sex*region + (1|isofemale) + (1|population) + 
(1|replicateID), data = datheat, family =
binomial)
summary(mod)

但是，我一直收到这个错误，我不知道如何修复它：

Error in eval(family$initialize, rho) : y values must be 0 <= y <= 1

下面是我的数据示例(datheat)：

注意缩写列名(pop=population，iso = isofemale，S*=Survival，X=X..<something>)

    region      pop treatment   iso sex     rep n   S*  X   proportion
1   Southwest   CAJ hardening   D1  Females 1   10  2   20  0.2
2   Southwest   CAJ hardening   D1  Females 2   10  1   10  0.1
3   Southwest   CAJ hardening   D1  Females 3   10  5   50  0.5
32  Southwest   REG hardening   R4  Females 1   10  3   30  0.3
33  Southwest   REG hardening   R4  Females 2   10  1   10  0.1
34  Southwest   REG hardening   R4  Females 3   10  3   30  0.3
60  Southwest   REG hardening   Southwest2  Females 1   10  5   50  0.5
61  Southwest   REG hardening   Southwest2  Females 2   10  3   30  0.3
62  Southwest   REG hardening   Southwest2  Females 3   10  0   0   0
74  Southwest   PAV hardening   Pa1 Females 1   10  2   20  0.2
75  Southwest   PAV hardening   Pa1 Females 2   10  3   30  0.3
76  Southwest   PAV hardening   Pa1 Females 3   10  4   40  0.4
136 Southwest   CAN hardening   C2  Females 1   10  0   0   0
137 Southwest   CAN hardening   C2  Females 2   10  1   10  0.1
138 Southwest   CAN hardening   C2  Females 3   10  0   0   0

谢谢!

Answer 1

?binomial帮助页(以基本R为单位)解释了如何指定二项式响应。假设数据集中的n列是每个试验中的个体数，则需要将“成功”和“失败”的数量指定为两列矩阵的列：

glmer(cbind(Survival, n-Survival) ~ ..., ...)

或者指定幸存的比例，并给出分母(暴露的总数)作为weights参数：

glmer(proportion ~ ..., ..., weights = n)

虽然前者在R示例中比较常见，但我更喜欢后者(但答案应该是相同的)。