R中的错误(labdsv) --“所有物种都必须发生在至少一个地块上”

Question

我在一个名为"data“的数据数据库上运行了以下指标物种分析(indval)代码，代码来自于R中的labdsv包，其中物种丰度为列，站点为行，如下所示：

     Site    Species X  Species Y  Species Z etc
     1       10         3          5
     2       5          15         220
     3       0          1          0
     4       21         100        3

在一个单独的文件中是每个站点的相应组数据，它们要么是组1，要么是组2(称为spe.grp)，即：

    Groups 
    1
    2
    1
    2

我删除了分类变量，以便spe.only只有物种数据。

   spe.only <- data[,2:1521]

然后我移除了在任何样本中不发生的物种。

   spe.only[, (!apply(spe.only==0,2,all))] 

然后，我根据组(1)或(2)运行指示种。

  (iva <- indval(spe.only, spe.grp$Groups))

但我得到

“indval.default中的错误(spe.only，spe.grp$Status)：所有物种必须至少在一个地块中发生”

如何解决此错误，以便正确运行indval？

Answer 1

步骤

spe.only[, (!apply(spe.only==0,2,all))] 

没有被分配回原始对象--也就是说，如果我们不将它分配回原来的对象，那么上述步骤的输出只会在控制台上打印，而不会更新原始对象。

spe.only <- spe.only[, (!apply(spe.only==0,2,all))] 

现在做indval

> library(labdsv)
> indval(spe.only, spe.grp$Groups)
$relfrq
           1 2
SpeciesX 0.5 1
SpeciesY 1.0 1
SpeciesZ 0.5 1

$relabu
                  1         2
SpeciesX 0.27777778 0.7222222
SpeciesY 0.03361345 0.9663866
SpeciesZ 0.02192982 0.9780702

$indval
                  1         2
SpeciesX 0.13888889 0.7222222
SpeciesY 0.03361345 0.9663866
SpeciesZ 0.01096491 0.9780702

$maxcls
SpeciesX SpeciesY SpeciesZ 
       2        2        2 

$indcls
 SpeciesX  SpeciesY  SpeciesZ 
0.7222222 0.9663866 0.9780702 

$pval
SpeciesX SpeciesY SpeciesZ 
   0.678    0.319    0.671 

该错误在原始的“spe.only”对象上是可重复的

> indval(spe.only, spe.grp$Groups)
Error in indval.default(spe.only, spe.grp$Groups) : 
  All species must occur in at least one plot

数据

spe.only <- structure(list(SpeciesX = c(10L, 5L, 0L, 21L), SpeciesY = c(3L, 
15L, 1L, 100L), SpeciesZ = c(5L, 220L, 0L, 3L), SpeciesD = c(0, 
0, 0, 0)), row.names = c(NA, -4L), class = "data.frame")

spe.grp <- structure(list(Groups = c(1, 2, 1, 2)), 
class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-4L))