重叠两个基因集，找出它们的重叠意义并绘制它们

Question

(图3a，b，扩展数据图3a，b及补充表1)。48h后，1/3以上的转录组差异表达(>5,000个基因；405个编码胞外区蛋白质的基因，基因本体(GO)登录0005576)，与维穆拉非尼治疗5天后体内A375肿瘤的基因表达变化明显重叠(图3a，b和扩展数据图3c)。Colo800和UACC62黑色素瘤细胞在维母拉非尼和H3122肺腺癌细胞中也有类似的广泛表达。尽管有不同的细胞来源、不同的致癌因素和不同的靶向治疗，但黑色素瘤分泌体与肺腺癌细胞之间仍有明显的重叠(P < 9.11×10−5)。

原始纸

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我希望看到类似于图f，其中它显示了交集和意义重叠。为了达到这个目的，我让这段代码一直工作到交集部分，但我不知道如何运行这个重要部分。

library(reshape2)
library(venneuler)
RNA_seq_cds <- read.csv("~/Downloads/RNA_seq_gene_set.txt", header=TRUE, sep="\t")
head(RNA_seq_cds)
ATAC_seq <- read.csv("~/Downloads/ATAC_seq_gene_set.txt", header=TRUE, sep="\t")
head(ATAC_seq)
RNA_seq <- RNA_seq_cds
ATAC_seq <- ATAC_seq

#https://stackoverflow.com/questions/6988184/combining-two-data-frames-of-different-lengths
cbindPad <- function(...) {
  args <- list(...)
  n <- sapply(args, nrow)
  mx <- max(n)
  pad <- function(x, mx) {
    if (nrow(x) < mx) {
      nms <- colnames(x)
      padTemp <- matrix(NA, mx - nrow(x), ncol(x))
      colnames(padTemp) <- nms
      if (ncol(x) == 0) {
        return(padTemp)
      } else {
        return(rbind(x, padTemp))
      }
    } else {
      return(x)
    }
  }
  rs <- lapply(args, pad, mx)
  return(do.call(cbind, rs))
}

dat <- cbindPad(ATAC_seq, RNA_seq)

vennfun <- function(x) { 
  x$id <- seq(1, nrow(x))  #add a column of numbers (required for melt)
  xm <- melt(x, id.vars="id", na.rm=TRUE)  #melt table into two columns (value & variable)
  xc <- dcast(xm, value~variable, fun.aggregate=length)  #remove NA's, list presence/absence of each value for each variable (1 or 0)
  rownames(xc) <- xc$value  #value column=rownames (required for Venneuler)
  xc$value <- NULL  #remove redundent value column
  xc  #output the new dataframe
}

#https://stackoverflow.com/questions/9121956/legend-venn-diagram-in-venneuler
VennDat <- vennfun(dat)
genes.venn <- venneuler(VennDat)
genes.venn$labels <- c("RNA", "\nATAC" )
# plot(genes.venn, cex =15, )
#https://stackoverflow.com/questions/30225151/how-to-create-venn-diagram-in-r-studio-from-group-of-three-frequency-column
#https://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/13301_6641d73cfac741a59c0a851feb99e98b.html   
vd <- venneuler(VennDat)
vd$labels <- paste(genes.venn$labels, colSums(VennDat))
plot(vd, cex=10)
text(.3, .45, 
     bquote(bold("Common ="~.(as.character(sum(rowSums(VennDat) == 2))))), 
     col="red", cex=1)

LABS <- vd$labels

上面的代码给出了相交图。

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现在，重要意义部分，我如何在两个基因集之间这样做，并显示它，如原始图所示。

我的数据，我用来生成上面的图

任何建议或帮助都将不胜感激。

Answer 1

如果你谈论如何在你的数字下放置任何文本，就像你以前做的那样使用“文本”。只是猜测一下x=和y=的坐标。xpd=TRUE允许您在边距上进行绘图。

VennDat <- vennfun(dat)
vd <- venneuler(VennDat)
vd$labels <- paste(c("RNA", "ATAC"), colSums(VennDat))

plot(vd, cex=10, border=c(NA, 'red'), col=c('#6b65af', '#ad7261'))
text(x=.5, y=.5, sum(rowSums(VennDat) == 2), xpd=TRUE)
text(.5, .15, 'overlap\n', xpd=TRUE)
text(.5, .13, bquote(italic(p)*'< 9.11E-55'), xpd=TRUE)

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我还调整了plot的一些参数。您可以使用以下方法检查绘图方法的代码：

venneuler:::plot.VennDiagram

如果你想知道重要性是如何计算出来的，你应该在交叉验证上发布你的问题。