如何选择数据可以在多个组内进行比较的组(使用dplyr和rstatix)？

Question

我想在小组内按性别进行t检验。我有两个组变量(group_1和group_2)和多个结果变量(var1和var2 --尽管在我的数据集中有很多变量)。

  #Packages
library(dplyr)
library(reshape2)
library(rstatix)
##Dataset
group_1 <-c(rep("Group X", 40), rep("Group Y", 40), 
                      rep("Group Z", 60), rep("Group Y", 20),
                      rep("Group Z", 50), rep("Group Y", 10))
group_2 <- c(rep("A", 100), rep("B", 20), rep("C", 50), rep("A", 20), rep("B", 30))
var1 <- rnorm(n=220, mean=0, sd=1)
var2 <- rnorm(n = 220, mean = 1, sd=1.3)
gender <- c(rep("M", 30), rep("F", 30), rep("M", 40) , rep("F", 50), rep("M", 20), 
            rep("F", 20), rep("M", 30))
data <- as.data.frame(cbind(group_1, group_2, var1, var2, gender))

##Groupings
table(data$group_1, data$group_2, data$gender)

#Long format
g_long <- gather(data, variable, value, var1:var2)
g_long$value <- as.numeric(g_long$value)

#T-tests for each variable within groups
g_test <- g_long %>%
  group_by(variable, group_1, group_2) %>%
  t_test(value ~ gender, p.adjust.method = "holm", paired=FALSE)

上面的代码给出了以下错误：

Error: Problem with `mutate()` input `data`.
x not enough 'y' observations
i Input `data` is `map(.data$data, .f, ...)`.

此代码只适用于一个组，或者如果我删除正确的数据：

  #this works
  g_test <- g_long %>%
  group_by(variable, group_1) %>%
  t_test(value ~ gender, p.adjust.method = "holm", paired=FALSE)

#Manually remove category where I cannot calculate gender diff - this works
g_long1 <- g_long[!(g_long$group_1 == "Group Y" & g_long$group_2 == "B"),]

g_test <- g_long1 %>%
  group_by(variable, group_1, group_2) %>%
  t_test(value ~ gender, p.adjust.method = "holm", paired=FALSE)

Y组和B组中没有女性，所以如果我手动删除它们，代码就能工作。我尝试了下面这样的方法来自动检测和删除这些类别，但是这并没有帮助，因为如果每个类别中都没有男性或女性，它就无法删除数据。

  g_long<- g_long %>% 
  group_by(group_1, group_2, variable, gender) %>% 
  filter(n() >= 5) 

如何自动删除无法运行t测试的类别？在我的数据集中，每个组有三个以上的类别，因此手动选择每个组将很困难。

Answer 1

我们可以使用nest_by创建一个带有transmute的list列，使用一个逻辑条件来检查每个组的“性别”中不同(n_distinct)元素的数量。

library(dplyr)
library(rstatix)
g_long %>% 
   nest_by(variable, group_1, group_2) %>%
   transmute(out = list(if(n_distinct(data$gender) > 1) data %>%
       t_test(value ~ gender, p.adjust.method = "holm", 
        paired=FALSE) else NA)) %>%
   ungroup

-ouptut

# A tibble: 14 x 4
   variable group_1 group_2 out                   
   <chr>    <chr>   <chr>   <list>                
 1 var1     Group X A       <rstatix_test [1 × 8]>
 2 var1     Group Y A       <rstatix_test [1 × 8]>
 3 var1     Group Y B       <lgl [1]>             
 4 var1     Group Y C       <rstatix_test [1 × 8]>
 5 var1     Group Z A       <rstatix_test [1 × 8]>
 6 var1     Group Z B       <rstatix_test [1 × 8]>
 7 var1     Group Z C       <rstatix_test [1 × 8]>
 8 var2     Group X A       <rstatix_test [1 × 8]>
 9 var2     Group Y A       <rstatix_test [1 × 8]>
10 var2     Group Y B       <lgl [1]>             
11 var2     Group Y C       <rstatix_test [1 × 8]>
12 var2     Group Z A       <rstatix_test [1 × 8]>
13 var2     Group Z B       <rstatix_test [1 × 8]>
14 var2     Group Z C       <rstatix_test [1 × 8]>

要提取list元素，请使用unnest

library(tidyr)
> g_long %>% 
+    nest_by(variable, group_1, group_2) %>%
+    transmute(out = list(if(n_distinct(data$gender) > 1) data %>%
+        t_test(value ~ gender, p.adjust.method = "holm", 
+         paired=FALSE) else NA)) %>%
+    ungroup %>% 
+    unnest(out)
# A tibble: 14 x 12
   variable group_1 group_2 .y.   group1 group2    n1    n2 statistic    df      p out  
   <chr>    <chr>   <chr>   <chr> <chr>  <chr>  <int> <int>     <dbl> <dbl>  <dbl> <lgl>
 1 var1     Group X A       value F      M         10    30  -0.350    30.7  0.729 NA   
 2 var1     Group Y A       value F      M         20    20  -0.0286   37.7  0.977 NA   
 3 var1     Group Y B       <NA>  <NA>   <NA>      NA    NA  NA        NA   NA     NA   
 4 var1     Group Y C       value F      M         10    10   0.221    17.0  0.828 NA   
 5 var1     Group Z A       value F      M         20    20  -0.0811   38.0  0.936 NA   
 6 var1     Group Z B       value F      M         20    20  -1.03     34.7  0.309 NA   
 7 var1     Group Z C       value F      M         20    10  -1.17     20.3  0.256 NA   
 8 var2     Group X A       value F      M         10    30  -0.601    13.0  0.558 NA   
 9 var2     Group Y A       value F      M         20    20  -0.824    36.8  0.415 NA   
10 var2     Group Y B       <NA>  <NA>   <NA>      NA    NA  NA        NA   NA     NA   
11 var2     Group Y C       value F      M         10    10  -0.00521  17.6  0.996 NA   
12 var2     Group Z A       value F      M         20    20  -0.956    38.0  0.345 NA   
13 var2     Group Z B       value F      M         20    20   0.593    31.2  0.557 NA   
14 var2     Group Z C       value F      M         20    10  -1.57     17.0  0.136 NA   

关于OP文章中的错误，它与group_1 'Y‘和'group_2’'B‘中唯一的“性别”元素的数量有关。