在macOS中使用conda环境下的R包

Question

我试图在macOS中的conda环境中使用一个包含Rcpp + OpenMP的R包。我阅读了conda环境文档；但是，在下面的可复制示例中，我无法解决我遇到的问题。大多数文档都基于解决OpenMP问题(clang+llvm)的macOS。我想知道是否有用于conda环境的任何资源或文档。这些步骤在Linux系统(使用conda)和macOS (没有conda)上工作，没有任何问题。

下面是一个可重复的例子：

在macOS中：

步骤1:创建conda环境并安装R：

conda create -n env r-essentials r-base

步骤2:激活环境

conda activate env

步骤3:安装rstudio

conda install -c r rstudio

步骤4:安装一些必需的软件包

conda install -c r r-devtools
conda install -c r r-wcorr
conda install -c r r-ranger
conda install -c conda-forge r-rcpparmadillo
conda install -c r r-testthat
conda install -c conda-forge r-superlearner
conda install -c conda-forge r-polycore
conda install -c conda forge r-logger
conda install -c anaconda llvm
conda install -c conda-forge openmp

步骤5:运行rstudio

步骤6:在rstudio内部

library('devtools')
install_github('fasrc/CausalGPS')

我得到以下错误：

In file included from ColorSpace.cpp:1:
In file included from ./ColorSpace.h:4:
In file included from env/bin/../include/c++/v1/typeinfo:60:
In file included from env/bin/../include/c++/v1/exception:81:
In file included from env/bin/../include/c++/v1/cstdlib:85:
In file included from env/bin/../include/c++/v1/stdlib.h:100:
env/bin/../include/c++/v1/math.h:773:12: error: no member named 'labs' in the global namespace; did you mean 'abs'?
 return ::labs(__x);
     ~~^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:772:39: note: 'abs' declared here
inline _LIBCPP_INLINE_VISIBILITY long abs(long __x) _NOEXCEPT {
                   ^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:777:12: error: no member named 'llabs' in the global namespace
 return ::llabs(__x);
     ~~^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:785:12: error: no member named 'fabsf' in the global namespace
 return ::fabsf(__lcpp_x);
     ~~^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:789:12: error: no member named 'fabs' in the global namespace; did you mean 'abs'?
 return ::fabs(__lcpp_x);
     ~~^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:772:39: note: 'abs' declared here
inline _LIBCPP_INLINE_VISIBILITY long abs(long __x) _NOEXCEPT {
                   ^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:794:12: error: no member named 'fabsl' in the global namespace
 return ::fabsl(__lcpp_x);
 ~~^

我认为我需要设置一些环境变量；但是，我无法找到应该导出哪些变量。你有什么想法吗？

Answer 1

适用于我，但我认为这是一种更好的做法：

see alternatives

• only使用 Conda -锻造信道混合通道可以有动态库问题，

• 使用YAML作为更可靠的规范，在the declared Imports中声明R版本(r-base)

• include (除了其他packages)

• conda-forge::r-cli>=3 builds are broken，的依赖项之外，其他packages)

• conda-forge::r-cli>=3 builds are broken，的依赖项除外，所以我认为

• 使用了mamba，因为conda是慢的H 222f 223>F 223

下面是一个用于创建环境的YAML：

causalgps-env.yaml

name: causalgps
channels:
  - conda-forge
dependencies:
  - r-base=4.1
  - r-tidyverse
  - r-devtools
  - r-xgboost
  - r-superlearner
  - r-earth
  - r-ranger
  - r-gam
  - r-kernsmooth
  - r-gnm
  - r-polycor
  - r-wcorr
  - r-rlang
  - r-glue
  - r-logger
  - r-cli>=2,<3

这些步骤是：

如果没有

1. Create env .安装Mamba，则## conda安装-n base forge：：mamba env创建-n causalgps -f causalgps-env.yaml

。

1. Run R会话在env.中

conda激活烧碱R

1. Install包.

图书馆(Devtools) install_github('fasrc/CausalGPS')

1. Test加载.

图书馆(CausalGPS) ## works