R中具有特殊列的相关矩阵的构造

Question

我有一个多列数据，可以分为两类:土地利用和水质。

我只想分析水质变量和土地利用变量之间的相关性，而不存在土地利用变量之间的相关性和质量变量之间的相关性。

我正在使用package ()先锋方法，但是我不知道我如何能够忽略类别之间的相关性。

土地利用=蔬菜，湿，干，水

水质= OD、DBO、DQO

library(ggplot2)
library(dplyr)
library(corrplot)


veg<-c(1,2,3,2.3,4.1)
wet<-c(2,2.3,1.9,2.5,2.2)
dry<-c(5,5.1,6.9,4.3,5.3)
water<-c(0.69,0.75,0.81,0.82,0.82)
coli<-c(10,11,12,13,9.7)
OD<-c(1,3,2.5,2.7,1.8)
DBO<-c(7,8,9,6.5,8)
DQO<-c(3.5,4,4.1,3,2)

#landuse=veg, wet, dry, water
#quality water = OD, DBO, DQO

data_land<-data.frame(veg, wet, dry, water, OD, DBO, DQO)

correl<-corrplot(cor(as.matrix(data_land),method = "spearman"),
                 method = "color",
                  tl.cex = 0.9,
                 number.cex = 0.95,
                 addCoef.col = "black")

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例如，我不希望计算DQO和DBO之间的相关性，因为它们是质量参数。我也不想计算蔬菜和干草之间的相关性，因为它们是土地利用类，例如。

Answer 1

在调用cor时，您可以通过选择列来计算土地和水变量之间的Spearman相关性。函数cor也可以接受第二个矩阵来计算相关性，因此您可以计算“土地利用”矩阵(第1-4列)和“水质”矩阵(第5-7列)之间的相关性：

my_cor <- cor(data_land[, 1:4], 
              data_land[, 5:7], 
              method = "spearman")

corrplot(my_cor,
         method = "color",
         tl.cex = 0.9,
         number.cex = 0.95,
         addCoef.col = "black")

图

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如果您想要一个平方相关图，在不想显示相关性的空空间中，您可以尝试像以前一样计算相关性，将要隐藏的相关结果设置为NA，然后在corrplot中将na.label设置为空空间。

my_cor <- cor(data_land, method = "spearman")

my_cor[1:4, 1:4] <- NA
my_cor[5:7, 5:7] <- NA

corrplot(my_cor,
         na.label = " ",
         method = "color",
         tl.cex = 0.9,
         number.cex = 0.95,
         addCoef.col = "black")