从.mha文件读取头信息

Question

我只想从.mha文件中读取标题。理想情况下，它会给我同样的感觉，就像只使用元数据读取.mhd文件一样。

我正在使用SimpleITK进行阅读，虽然它可以很好地读取图像，但我特别希望创建一个元数据字典。

.mha基本上是带有原始映像的.mhd，但是我找不到任何关于如何将它们分开的规范。我在ITK docs 这里中找到的

若要跳过图像数据文件中的头字节，请使用 HeaderSize = X 其中X是读取图像数据之前在文件开头要跳过的字节数。如果您知道没有尾随字节(文件末尾的额外字节)，则可以指定 HeaderSize = -1 MetaImage将自动计算数据文件中提取的字节数，假设这些字节位于数据文件的开头，并在开始读取图像数据之前自动跳过这些字节。

但是我在SimpleITK中找不到这个功能。

Answer 1

有一个SimpleITK特性允许您这样做，它通常用于DICOM和nifti文件格式。我使用它只读取MHD文件，而不将原始数据拖到内存中：

import pathlib
import SimpleITK as sitk

#Use pathlib so it works on whatever OS
mha_dir = pathlib.Path("/you/files/location")
mha_file = str(mha_dir.joinpath(mha_file))

#Set up the reader and get the file information 
reader = sitk.ImageFileReader()
reader.SetFileName(mha_file)   # Give it the mha file as a string
reader.LoadPrivateTagsOn()     # Make sure it can get all the info
reader.ReadImageInformation()  # Get just the information from the file

# From here you can just parse out whatever you want, just like a SimpleITK image

xdim, ydim, zdim = reader.GetSize() # If you want the x, y, z 
xres, yres, zres = reader.GetSpacing() # If you want the image resolution, etc.

meta_keys = reader.GetMetaDataKeys()
for key in meta_keys:
    print(key)
    print(reader.GetMetaData(f'{key}'))