即使在conf文件中传递了一个app_init_timeout设置之后，R闪亮应用程序也会在60秒内超时

Question

我试着将我的R闪亮的应用程序封装起来，它使用docker连接到一个sql服务器映像。这个应用程序加载一些初始数据，如果我将它指向一个较小的数据集，它就会很好地工作，如果我在初始化步骤中加载大型数据集，应用程序就会给我一个超时。而实际的错误消息是

应用程序启动失败。 应用程序在初始化期间退出。

我查看了app_init_timeout，发现每个应用程序的默认超时时间为60秒，通过设置这个参数可以增加超时时间，所以我将超时参数设置为1800秒，但不幸的是，它对我的应用程序没有任何影响，它通常在60秒后超时。

我试图将自定义的etc/shiny-server/shiny-server.conf复制到app_init_timeout，其中指定了增加的app_init_timeout，如下所示：

run_as shiny;
# Define a top-level server which will listen on a port
server {
  # Instruct this server to listen on port 3838
  listen 3838;
  
  # Define the location available at the base URL
  location / {
    site_dir /srv/shiny-server;
    log_dir /var/log/shiny-server;
    directory_index on;
    # Increase the timeout of the app
    app_init_timeout 3600;
    app_idle_timeout 3600;
  }  
}

我的码头文件是

FROM  rocker/shiny-verse

#update all packages
RUN apt-get update

#upgrade
RUN apt-get upgrade -y

#install additional packages
RUN apt install gpg-agent -y unixodbc apt-utils curl

#get msodbcsql17 and install it
 RUN curl https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc | apt-key add -
 RUN curl https://packages.microsoft.com/config/ubuntu/18.04/prod.list > /etc/apt/sources.list.d/mssql-release.list
 RUN apt-get update -y
 RUN ACCEPT_EULA=Y apt-get install -y msodbcsql17 


RUN apt-get install tcl8.6 tk8.6 -y
#RUN curl -o Rtools.exe https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/Rtools35.exe
#rename SQL Driver title in odbcinst file
RUN sed -i 's/ODBC Driver 17 for SQL Server/SQL Server/' etc/odbcinst.ini


#install packaes needed for running the app
RUN R -e "install.packages(c('shiny'))"
RUN R -e "install.packages(c('shinydashboard'))"
RUN R -e "install.packages(c('dbplyr'))"
RUN R -e "install.packages(c('odbc'))"
RUN R -e "install.packages(c('sqldf'))"
RUN R -e "install.packages(c('gsubfn'))"
RUN R -e "install.packages(c('proto'))"
RUN R -e "install.packages(c('randomForest'))"
RUN R -e "install.packages(c('plotly'))"
RUN R -e "install.packages(c('DT'))"
RUN R -e "install.packages(c('plyr','dplyr'))"
RUN R -e "install.packages(c('data.table'))"
RUN R -e "install.packages(c('tidyr'))"
RUN R -e "install.packages(c('lubridate'))"
RUN R -e "install.packages(c('shinycssloaders'))"
RUN R -e "install.packages(c('shinyjs'))"
RUN R -e "install.packages(c('stringr'))"
RUN R -e "install.packages(c('stringi'))"
RUN R -e "install.packages(c('shinyFiles'))"
RUN R -e "install.packages(c('DBI'))"
RUN R -e "install.packages(c('readxl'))"
RUN R -e "install.packages(c('installr'))"
RUN R -e "install.packages(c('smbinning'))"

#copy app to image
COPY app/ srv/shiny-server/app

COPY shiny-server.conf/ etc/shiny-server/shiny-server.conf

如果我遗漏了什么，请告诉我。非常感谢。

Answer 1

我也遇到过类似的问题，使用Docker在优秀的DigitalOcean应用服务上部署闪亮的应用程序。我所使用的方法是迫使应用程序每10秒在后台做一些事情。它的缺点是它可能永远不会超时..。但这应该按照这样一个事实进行排序，即DO应用程序是短暂的，所以不活动的会话应该结束(我认为.)

(我从其他地方借来了这段代码，不记得在哪里)

在服务器底部R..。

  #Stop the app timing out
  autoInvalidate <- reactiveTimer(10000)
  observe({
    autoInvalidate()
    cat(".")
  })