coeftest()给出了drc类对象的错误

Question

我试图复制一个补充的例子2连续的反应:一个剂量-反应曲线来自刚果民主共和国的一揽子。

在尝试运行coeftest(ryegrass.LL.4, vcov = sandwich)时，我会得到以下错误：

UseMethod中的错误(“estfun”)：对于类"drc“中的对象，没有适用的'estfun‘方法。

我试图对错误进行谷歌搜索，但没有成功，而是使用vcov.而不是vcov (因为vcov )。在R中自动表示，但文章使用vcov)，并且仍然得到相同的错误。

有什么办法解决这个问题吗？

会议信息：

R version 4.0.3 (2020-10-10)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19041)

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] lmtest_0.9-38  zoo_1.8-8      sandwich_3.0-0 drc_3.0-1      MASS_7.3-53   

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] zip_2.1.1         Rcpp_1.0.5        pillar_1.4.7      compiler_4.0.3    cellranger_1.1.0 
 [6] forcats_0.5.0     tools_4.0.3       lifecycle_0.2.0   tibble_3.0.4      lattice_0.20-41  
[11] pkgconfig_2.0.3   rlang_0.4.8       Matrix_1.2-18     openxlsx_4.2.3    rstudioapi_0.13  
[16] curl_4.3          mvtnorm_1.1-1     haven_2.3.1       xfun_0.18         rio_0.5.16       
[21] vctrs_0.3.5       gtools_3.8.2      hms_0.5.3         grid_4.0.3        data.table_1.13.4
[26] R6_2.5.0          plotrix_3.7-8     survival_3.2-7    readxl_1.3.1      foreign_0.8-80   
[31] multcomp_1.4-15   TH.data_1.0-10    carData_3.0-4     car_3.0-10        magrittr_1.5     
[36] scales_1.1.1      codetools_0.2-16  splines_4.0.3     ellipsis_0.3.1    abind_1.4-5      
[41] colorspace_2.0-0  tinytex_0.26      stringi_1.5.3     munsell_0.5.0     crayon_1.3.4 

Answer 1

@jay.sf是对的，estfun是来自sandwich包的函数。它被定义为一个泛型函数。只需键入estfun并按enter键，您就会看到

function (x, ...) 
{
  UseMethod("estfun")
}

这意味着，如果它看到"drc"类的对象( ryegrass.LL.4是)，它会搜索一个名为estfun.drc的函数来应用。如果它是"foo"类的对象，它就会试图找到estfun.foo。有关更多细节，请参见威翰书中关于S3类的一章。

实际上，drc包甚至为来自sandwich的bread泛型提供了一个方法estfun.drc和配套的bread.drc方法。但是，由于方法没有在drc包中正式注册，所以相应的泛型函数没有找到这一点。在较早版本的R中，这曾经起作用，但现在已被禁用。仅根据命名约定向estfun.drc分派只适用于全局环境中的函数，而不是包中的函数。因此，一个快速而肮脏的解决方案是在您的全局环境中创建函数的副本：

estfun.drc <- drc::estfun.drc
bread.drc <- drc::bread.drc

更好的方法是将函数注册为S3方法，而不是复制它们：

registerS3method("estfun", "drc", drc::estfun.drc)
registerS3method("bread", "drc", drc::bread.drc)

当然，如果drc在包中这样做会更好，这样您作为用户就不必这样做了。也许作者愿意相应地更新这个包。

Answer 2

coeftest(model1, vcov.dcr=sandwich)