给R中循环中的变量赋值

Question

我需要遍历文件，然后为每个文件创建一个对象：

以下是一个例子：

filenames <- Sys.glob("/Users/Desktop/*.nwk")
for (i in filenames ) {
  print(paste0("Processing the phylogeny: ",i))
    p <- a code that generate a figure 
}

然后我生成了5个数字，我用这个代码调用：

multiplot(p1,p2,p3,p4,p5 ncol=2, labels=c('A', 'B','C','D','E'))

但我想知道如何将1,2等值赋值到变量对象p中？

我尝试创建一个nb=1对象，然后将其赋值为p+nb <- a code that generate a figure，但它不起作用。

Answer 1

有用于绘制/合并多个地块的专用包。拼凑、牛仔、网格、鸡蛋等。

使用lapply在列表中生成ggplot对象，然后使用cowplot::plot_grid，如下所示：

cowplot::plot_grid(
  plotlist = lapply(list.files(...), function(i){
    #import file
    d <- read.table(i)
    #plot
    ggplot(d, aes(...)) + geom_...
  }),
  ncol = 2)

Answer 2

您可以这样做，但我建议不要在全局环境中创建5个绘图对象。将情节的输出存储在列表中。

list_plot <- vector('list', length(filenames))

for (i in seq_along(filenames)) {
  cat("\nProcessing the phylogeny: ",filenames[i])
  list_plot[[i]] <- a code that generate a figure using filenames[i] to read file
}

do.call(multiplot, c(list_plot, ncol=2, labels=c('A', 'B','C','D','E')))

Answer 3

我找到了一种方法：

Phylo_name<-paste0("p",nb,sep="")
  eval(call("<-", as.name(Phylo_name), ggtree(tr = phylo,
                                              mapping = aes(color = group)) + geom_tiplab() + theme(legend.position="right")+ 
              scale_color_manual(values=color_vector)))