在PyIron中直接包含lammps命令

Question

我想在我的模拟盒的非周期方向强加反射BCs .为此，我需要使用固定墙/反射

在PyIron中有任何直接包含此命令的方法吗？

诚挚的问候

Answer 1

wall/reflect目前不受pyiron的本机支持，但是如果您知道LAMMPS命令，您可以通过以下方法将它包括在内：

job.input.control['fix___fixname'] = 'all wall/reflect xlo EDGE xhi EDGE'

(我在您共享的LAMMPS页面上举了第一个例子)。如果您的LAMMPS输入不太复杂，这个pyiron应该能够将这个命令放在适当的位置。

Answer 2

如果您只想插入一个修复程序，那么Sams的解决方案无疑是最简单的方法。但是，您甚至可以在pyiron中加载完整的LAMMPS脚本，下面是一个示例：energy.ipynb

重要的部分是保持read_data structure.inp和include potential.inp使用吡啶定义的结构和原子间电位。最后，如果您还复制了dump、dump_modify和thermo部分，您可以使用pyiron解析器，否则就可以自己解析输出，就像我在上面的示例中演示的那样。