基于一列的标准化r函数？

Question

是否有可能根据最后一列(样本)样本=测序基因组的数量，在R中规范此表。所以我想得到所有基因在所有条件下的正常分布。

简化了我的数据示例：

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我试过：

dat1 <- read.table(text = " gene1   gene2   gene3   samples 
condition1  1   1   8   120
condition2  18  4   1   118
condition3  0   0   1   75
condition4  32  1   1   130", header = TRUE)

dat1<-normalize(dat1, method = "standardize", range = c(0, 1), margin = 1L, on.constant = "quiet")

但结果包括负值，我不知道这种方法有多有用。有谁能建议我如何规范我的数据..。才能得到有意义的结果。

谢谢，如果这是个愚蠢的问题，我很抱歉。

Answer 1

使用您的数据，首先编写一个min max函数：

minmax = function(x){ (x-min(x))/(max(x)-min(x))}

然后遍历这些列：

norm = data.frame(lapply(dat1[,1:3],function(i) minmax(i/dat1$samples)))

看起来是这样的，我希望这是正确的

       gene1     gene2      gene3
1 0.03385417 0.2458333 1.00000000
2 0.61970339 1.0000000 0.01326455
3 0.00000000 0.0000000 0.09565217
4 1.00000000 0.2269231 0.00000000