用向量重命名多列

Question

我有基因表达数据，其中列名是Ensembl基因名，包括版本(.xx)。我想用基因符号替换几个列的列名(忽略.xx)。我感兴趣的基因在一个“基因”载体上，相应的Ensembl名称在一个"ensembl“向量中。

df <- tibble(~"sample", ~"Ensembl1111.13", ~"Ensembl2222.1",
             "sample_A", 12, 20)
genes <- c("ACTB", "GAPDH")
ensembl <- c("Ensembl1111", "Ensembl2222")

我试着使用rename_at()，但没有成功。我的语法哪里有错误？有没有更简单/更好的方法？

谢谢！！

df_ren <- df %>%
    rename_at(vars(starts_with(ensembl)), funs(str_replace(., "/.", genes)))

Answer 1

我们可以使用starts_with代替matches，因为starts_with需要一个输入，而如果我们创建一个与| (OR)连接的字符串，matches可以有多个值。

library(dplyr)
library(stringr)
df %>%
   rename_at(vars(matches(str_c(ensembl, collapse="|"))),
          ~genes) 

-output

# A tibble: 1 x 3
#  sample    ACTB GAPDH
#  <chr>    <dbl> <dbl>
1 sample_A    12    20

或者另一个选项是移除以'Ensembl‘开头的列名中的字符，并在.中使用命名的向量。

df %>% 
    rename_at(vars(starts_with("Ensembl")), ~ str_remove(., "\\..*")) %>%
    rename(!!! setNames(ensembl, genes))
# A tibble: 1 x 3
#  sample    ACTB GAPDH
#  <chr>    <dbl> <dbl>
#1 sample_A    12    20

Answer 2

您可以从名称中删除"."之后的所有内容，用ensembl替换它，并用genes值替换它。

names(df)[match(ensembl, sub('\\..*', '', names(df)))] <- genes
#  sample    ACTB GAPDH
#  <chr>    <dbl> <dbl>
#1 sample_A    12    20