使用Python。如何将四维数组(21，32,1024,1024,1024)保存为tif图像。生物医学

Question

我想把一堆数组保存在一个tiff文件中，这样显微镜软件就可以在通道和z平面上将其读取为图像。这是一个4维数组：(21,32,1024,1024)。但我找不到办法。

例如，使用：io.imsave(os.path.join(outpath), stack2)，它被保存为单个图像的堆栈，但不保存在代表21z平面的32个通道中。

你知道怎样才能做到这一点吗？

Answer 1

由于TIFF规范不处理多通道Z堆栈，因此需要使用图像数据保存额外的元数据。在TIFF中保存ZCYX图像用于生物成像有两种常见的元数据格式：OME TIFF和ImageJ超栈。more被更多的软件所支持。蒂夫文件可以读写两种格式：

import numpy
from tifffile import imwrite

image = numpy.zeros((21, 32, 1024, 1024), dtype='uint16')

# write OME-TIFF
imwrite('zcyx.ome.tif', image)

# write ImageJ hyperstack
imwrite('zcyx.tif', image, imagej=True)