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社区首页 >问答首页 >FileNotFoundError:[Errno 2]没有这样的文件或目录:'test_data/gc_content.txt‘

FileNotFoundError:[Errno 2]没有这样的文件或目录:'test_data/gc_content.txt‘
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Stack Overflow用户
提问于 2020-09-27 01:54:34
回答 1查看 631关注 0票数 1

我正在学习生物信息学教程,并将所有内容放在生物信息学文件夹中。在其中,我的python文件位于一个文件夹中,txt文件位于另一个文件夹中。运行时,我会收到标题中的错误。我已经尝试将父文件夹添加到readFile中。它起了短暂的作用,然后停了下来。

视频中的指导员使用相对路径没有问题。

生物信息学

  • rosalind_problems
    • 据点
      • DNAToolkit.py
      • GC_content.py
      • structures.py
      • test.py

代码语言:javascript
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- test\_data 
    - gc\_content.tx
代码语言:javascript
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def readFile(filePath):
    '''Reading a file and returning a list of lines'''
    with open(filePath, 'r') as f:
        return [l.strip() for l in f.readlines()]

def GCcontent(seq):
    #tmpFreqDict = {"A": 0, "C": 0, "G": 0, "T": 0}
    #for nuc in seq:
    #    tmpFreqDict[nuc] += 1
    #return tmpFreqDict["G"], tmpFreqDict["C"]
    return round((seq.count('C') + seq.count('G') / len(seq) * 100))

FASTAFile = readFile('test_data/gc_content.txt')
FASTADict = {}
FASTALabel = ""

print(FASTAFile)

# Converting FASTA file into a dictionary
for line in FASTAFile:
    if '>' in line:
        FASTALabel = line
        FASTADict[FASTALabel] = ""
    else:
        FASTADict[FASTALabel] += line
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回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2020-09-27 02:13:38

readFile('test_data/gc_content.txt')更改readFile('../test_data/gc_content.txt')

票数 1
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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/64084056

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