Conda安装图树

Question

在Linux上使用Anaconda，我尝试过这样做：

 conda install -c bioconda figtree 

但它给了我这个：

Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: | 
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes.  Press CTRL-C to abor/ 
failed                                                                                                                                        

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other:

Output in format: Requested package -> Available versions

也许只有我，但这不是一个无益的信息吗？Output in format: Requested package -> Available versions是什么意思？他们只是想变得刻薄吗？

我不应该在其他地方寻找答案吗？在这里问是不对的

最重要的是:我如何在未来解决这个问题和类似的问题？有或没有Anaconda

Answer 1

Bioconda有用户需要遵循的通道配置设置，以便从Bioconda包获得预期的行为，包括解决安装问题。特别是，用户应该使用conda-forge > bioconda > defaults。这可能是影响安装的原因，因为figtree将xorg-libxtst作为一个依赖项，并且只依赖于Conda。

如果您希望临时执行此操作(如OP中的操作)，则模拟其推荐设置的命令如下

conda install --override-channels -c conda-forge -c bioconda -c defaults figtree 

其中通道的顺序定义了它们的优先级。

然而，通常更好的做法是在全球范围内( Bioconda文档显示的内容)或基于每个环境(针对具有多种项目的用户)配置：

# activate environment
conda activate my_env

# set channels for environment
conda config --env --add channels defaults
conda config --env --add channels bioconda
conda config --env --add channels conda-forge

# no need to use ad hoc `-c` flags
conda install figtree