如何在is.corr=FALSE中使用关联图

Question

我以前做了一个漂亮的，实用的，完美的贴图(我的阴谋)。现在我必须得到相同的底层数据。因此，我的目标是有三角形的相似矩阵，在相同的颜色与我的凝聚图。想象一下，它就像excel中的条件格式。

我的数据：我来自excel的数据

链接到CSV数据文件

它作为csv加载，并且可以很好地读取csv。

我的代码：corrplot(Phylogeny, is.corr=FALSE,method="number", cl.lim=c(0,1))

它抛给我的错误：Error in if (any(corr < cl.lim[1]) || any(corr > cl.lim[2])) { : Missing value, where TRUE/FALSE is required

• 我确保所有的列都是数字的
• 我确保用NA填充缺失的部分(因为这是以前的问题)。
• 我确保所有的值都在0到1之间，就像我想要的那样(在两者之间，它告诉我，当我尝试一些东西时，我的值并不在限制之内)。
• 当我更改限制时，错误不会改变。
• 当我去掉is.corr=FALSE (default=TRUE)时，错误不会改变。
• 我和corrplot.mixed玩过了，但它还是不起作用
• 一直在引用来自Corrplot Intro的信息

我已经查看了condformat函数，但我不太确定它是否能按照整体的渐变来填充每个单元格，就像我在我的护栏图中使用的那样。

我在这里错过了什么，它不想把我的桌子还给我漂亮的颜色？

Answer 1

我也犯了同样的错误，但是我能够通过将我的data.frame转换成matrix来修复它。我最后和corrplot(as.matrix(df), is.corr = FALSE)在一起。

Answer 2

如果我的理解是正确的，那么您发布的数据已经是一个相关矩阵了--尽管不是一个完全对称的数据矩阵，它是通过对原始数据的调用cor生成的。

在这种情况下，问题只是在数据中将变量名称(物种)作为列。将此列更改为行名，删除变量名，并按user9536160的建议调用user9536160：

# read in your data    
phyl <- as.data.frame(read_csv("Phylogeny.csv"))

# name rows and drop variable names in the df itself
row.names(phyl) <- phyl$Species
phyl <- phyl %>%
  select(-Species)

# call corrplot
corrplot(as.matrix(phyl), is.corr = FALSE)

结果：

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