用于大型标签文件的nibabel.filebasedimages.ImageFileError

Question

加载一个大小为14.4MB的带标签的NIFTI文件时，我得到了以下错误。

Traceback (most recent call last):
  File "/home/miran045/reine097/projects2/lab2im/lab2im/dcan/reproduce_load_error.py", line 7, in <module>
    img = nib.load(file_path)
  File "/home/miran045/reine097/.local/lib/python3.7/site-packages/nibabel/loadsave.py", line 55, in load
    raise ImageFileError(f'Cannot work out file type of "{filename}"')
nibabel.filebasedimages.ImageFileError: Cannot work out file type of "/home/feczk001/shared/data/nnUNet/nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task509_Paper/labelsTr1/1mo_sub-375518.nii.gz"

代码如下：

import nibabel as nib

print(nib.__version__)

file_path = '/home/feczk001/shared/data/nnUNet/nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task509_Paper/labelsTr1/1mo_sub' \
            '-375518.nii.gz'
img = nib.load(file_path)
print(img.shape)

当我尝试打开这些较小的文件(大约KB)时，不会发生这种情况。我可以在FreeSurfer FreeView中打开这个文件，没有错误，它看起来很好。这发生在3.2.1版的NiBabel中。

Answer 1

尽管文件扩展名为GZ，但该文件实际上可能并未压缩。尝试用gzipping压缩它。