如何修复pydicom的dcmread()序言错误？

Question

我在DICOM文件上遇到了问题，该文件确实存在于给定路径上。我不知道哪里出了问题。这是我的代码：

import pydicom

f = "/exact/path/hi.dcm"
fn = get_testdata_file(f)
ds = pydicom.dcmread(fn)

ds.SOPClassUID = ds.MediaStorageSOPClassUID

我正在犯以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "addfields.py", line 14, in <module>
    ds = pydicom.dcmread(fn)
  File "/Users/user/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom/filereader.py", line 871, in dcmread
    force=force, specific_tags=specific_tags)
  File "/Users/user/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom/filereader.py", line 668, in read_partial
    preamble = read_preamble(fileobj, force)
  File "/Users/user/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom/filereader.py", line 605, in read_preamble
    preamble = fp.read(128)
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'read'

但是我不知道为什么，因为"hi.dcm“是一个存在的文件(路径是正确的)，并且里面有元数据。我不知道序言是什么，也不知道它是否存在于我所处理的形象中。

Answer 1

免责声明:我是pydicom的贡献者。

发生此错误是因为get_testdata_file返回None，然后将其用作文件名。错误消息本身有点误导--在这种情况下，可能最好是引发FileNotFound或ValueError (Update:它在当前pydicom中引发TypeError )。相反，读取的第一件事是序言( DICOM图像的标记，由128个零字节和‘DICM’组成)，在试图读取这个文件时，它会崩溃，因为文件指针是None。

这是documentation for get_testdata_file

返回具有文件名的第一个匹配数据集的绝对路径。

首先搜索本地pydicom数据存储，然后搜索任何本地可用的外部源，最后搜索pydicom/pydicom-数据存储库中可用的文件。

因此，这是一个方便的函数，主要用于查找pydicom测试数据文件。

如果您已经拥有了文件路径，则只需使用它：

import pydicom

fn = "/exact/path/hi.dcm"
ds = pydicom.dcmread(fn)

至于序言，如果DICOM文件没有序言(旧的ACR格式)，可以使用force=True参数读取这些文件：

ds = pydicom.dcmread(fn, force=True)

虽然我只会使用这类文件，因为它也尝试将非DICOM文件作为DICOM处理，这可能会导致一些意外的异常。如前所述，本例中的错误与缺失的序言无关，而是与不正确的文件路径有关。

更新：

自从pydicom的2.1版本以来，这种行为就发生了变化。dcmread现在将使用有意义的消息(如果传递None )来引发TypeError。