未能使用reticulate::use_virtualenv加载包

Question

我一直试图通过R网运行一些python代码，但没有成功。我尝试创建一个虚拟环境并在其中安装两个包: numpy和一个名为scrublet的GitHub包。

library(reticulate)
if(!"r-scrublet" %in% virtualenv_list()) {
  virtualenv_create("r-scrublet")
  virtualenv_install("r-scrublet", c("numpy","git+https://github.com/AllonKleinLab/scrublet.git"))
}
use_virtualenv(virtualenv = "r-scrublet", required = T)

然后我想激活环境并在其上运行代码。当我运行py_discover_config()时，会得到输出：

python:         C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet/Scripts/python.exe
libpython:      C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet/Scripts/python36.dll
pythonhome:     C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet
version:        3.6.4 (v3.6.4:d48eceb, Dec 19 2017, 06:54:40) [MSC v.1900 64 bit (AMD64)]
Architecture:   64bit
numpy:          C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet/Lib/site-packages/numpy
numpy_version:  1.19.1

NOTE: Python version was forced by use_python function

这似乎是我想要的。问题是我似乎无法真正使用这个环境。如果我测试是否有numpy可用(py_numpy_available())，则不会得到，并且当我尝试任何import语句时(无论是对一个已安装的软件包，甚至是对类似于os的程序包)，R都会崩溃：

R会话中止。R遇到一个致命的错误。会议结束

我尝试了不同的网状手册(这里和这里)和不同的git问题，但仍然无法解决。

Answer 1

从您提供的安装路径来看，您似乎在使用Windows。

如果您指的是virtualenv doc：

Windows不支持虚拟环境函数(建议在Windows上使用conda环境 )。

尝试：

library(reticulate)
conda_create("r-scrublet")
conda_install(envname="r-scrublet", packages ="numpy","pip","git")

conda_python(envname =  "r-scrublet")

可以通过从scrublet.git环境根文件夹中运行来添加r-scrublet：

Scripts\pip install git+https://github.com/AllonKleinLab/scrublet.git

或直接来自R：

conda_install(envname='r-scrublet','git+https://github.com/AllonKleinLab/scrublet.git',pip=T)

只要您应用此补丁。为了避免修补程序，您可能可以将\r-scrublets\Library\bin添加到系统路径中。

为了实现代码片段的完整性，一旦安装就绪，请通过以下方式指定它的用途：

use_miniconda("r-scrublet", required=T)
scrub <- import("scrublet")