summary.manova输出显示了与summary.manova stats和stats()不同的p值。

Question

我注意到R中的summary.manova()函数产生两个不同的p.values。一个在控制台中打印的表中，另一个在位于汇总对象中的stats表中。应该报告什么p.values？这些值略有不同。我第一次注意到这个问题是在使用来自tidy()的broom函数时，它是从stats表而不是控制台报告p.values。

我可以使用虹膜数据框架重新创建这个问题：

head(iris)
fit = manova(as.matrix(iris[,1:4]) ~ Species, data = iris)
fit_summary = summary.manova(fit, test = "Wilks")
fit_summary #output1
fit_summary$stats #output2
broom::tidy(fit, test = "Wilks") #output2 

Answer 1

好的可复制的例子！从我在这里看到的一切来看，唯一的区别是输出表示，而不是底层的值。

在打印的摘要输出中，小于阈值的p值仅打印为"<2.2e-16“(理论上您可能不应该担心微小p值之间的差异.)

fit_summary #output1
           Df    Wilks approx F num Df den Df    Pr(>F)    
Species     2 0.023439   199.15      8    288 < 2.2e-16 ***
Residuals 147                                              
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

如果显式提取$stats组件，则会得到一个输出到R的默认7位数字精度的值：

> fit_summary$stats #output2
           Df      Wilks approx F num Df den Df        Pr(>F)
Species     2 0.02343863 199.1453      8    288 1.365006e-112
Residuals 147         NA       NA     NA     NA            NA

如果使用tidy，它将返回一个tibble，而不是一个数据帧，而数据帧对于输出精度有不同的默认设置(也就是说，它只报告3个重要数字)。

> broom::tidy(fit, test = "Wilks") 
# A tibble: 2 x 7
  term         df   wilks statistic num.df den.df    p.value
  <chr>     <dbl>   <dbl>     <dbl>  <dbl>  <dbl>      <dbl>
1 Species       2  0.0234      199.      8    288  1.37e-112
2 Residuals   147 NA            NA      NA     NA NA  

所有这些默认设置都可以重置:例如，?tibble::formatting告诉您，options(pillar.sigfig=7)将将tibble的有效位数设置为7；?options告诉您，您可以使用options(digits=n)来更改基-R打印的默认值。