Subprocess使用Python运行，但在使用R和Retic所得时不起作用

Question

我有一个命令保存在一个文本文件中，我希望使用subprocess.run()从R中使用reticulate包执行该命令。

我有一个有三个文件的目录：

• test_command.txt，它包含命令touch foo.txt

• run_command.py:

import subprocess
import os

subprocess.check_output('bash test_command.txt')
print(os.path.isfile("foo.txt"))  # Check if the command was actually executed properly

• run_from_r.R:

library(reticulate)
use_condaenv("my_env")  # Same conda environment as used for python
source_python("run_command.py")

当我直接运行run_command.py时，会创建foo.txt，并返回True。

然而，当我使用run_from_r.R从R运行时，我得到以下消息：

Error in py_run_file_impl(file, local, convert) : 
  OSError: [WinError 6] The handle is invalid

Detailed traceback: 
  File "<string>", line 5, in <module>
  File "C:\Users\Danie\miniconda3\envs\wildcats_summer_env\lib\subprocess.py", line 411, in check_output
    **kwargs).stdout
  File "C:\Users\Danie\miniconda3\envs\wildcats_summer_env\lib\subprocess.py", line 488, in run
    with Popen(*popenargs, **kwargs) as process:
  File "C:\Users\Danie\miniconda3\envs\wildcats_summer_env\lib\subprocess.py", line 753, in __init__
    errread, errwrite) = self._get_handles(stdin, stdout, stderr)
  File "C:\Users\Danie\miniconda3\envs\wildcats_summer_env\lib\subprocess.py", line 1054, in _get_handles
    p2cread = _winapi.GetStdHandle(_winapi.STD_INPUT_HANDLE)

system("bash test_command.txt")在R.

是否知道此错误消息意味着什么，以及如何在使用subprocess.check_output/run和reticulate运行时使该命令正确运行？

谢谢!

Answer 1

我似乎通过以下方法修复了它：

subprocess.run(['bash', 'test_command.txt'], stdout=subprocess.PIPE,
               stderr=subprocess.STDOUT, stdin=subprocess.DEVNULL)

来自Python running as Windows Service: OSError: [WinError 6] The handle is invalid