错误：“rjag”的包或命名空间加载失败

Question

在终端中的conda环境中，我能够成功地安装包“rjags”。但是，当我在该环境中运行R并运行库(Rjags)时，我会得到以下错误：

加载必需的包: coda错误：“rjag”的包或名称空间加载失败：.onLoad在loadNamespace()中失败，用于“rjag”，详细信息:dyn.load:dyn.load(文件，DLLpath = DLLpath，.)错误:无法加载共享对象'/user-path/anaconda3/envs/r-env/lib/R/library/rjags/libs/rjags.so'：/user-path/anaconda3/envs/r-env/lib/R/library/rjags/libs/rjags.so:未定义符号：_ZN4jags7Console10setRNGnameERKNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEEj以及:警告消息: 1:包'rjags‘是在R版本3.6.3 2下生成的:包'coda’是在R版本3.6.3下生成的

如果我安装并使用R，在另一个环境或基本环境中执行库(Rjags)，一切都可以正常工作。我想知道这个错误信息意味着什么，以及如何解决它。

conda list "^(libstdcxx-ng|r-base|r-coda|jags|r-rjags)$"的输出是：

# packages in environment at /user-path/anaconda3/envs/r-env:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
jags                      4.3.0                h26a2512_0    conda-forge
libstdcxx-ng              9.1.0                hdf63c60_0  
r-base                    3.6.1                h9bb98a2_1  
r-coda                    0.19_3            r36h6115d3f_2    conda-forge
r-rjags                   4_10              r36h0357c0b_1    conda-forge

Answer 1

信道混合出错

我怀疑这个错误是由于Conda Forge和Anaconda封装的混合造成的。组织使用不同的构建堆栈，因此它们构建的动态库最终可能具有不同的内部定义(有关详细信息，请参阅Conda Forge存储库中的此问题)。例如，在本例中，构建rjags.so是为了查找它链接到的库中的符号，但是它在Anaconda构建中找不到它。不幸的是，它链接到太多(检查与ldd rjags.so)，让我找到具体是造成问题。

但是，您仍然有一些选项可以让rjags正常工作，而不是精确修复。在所有情况下，的解决方案都是优先考虑 conda-forge 。

选项1:创建一个新的专用env

如果在这个特定的env中实际上不需要rjags，那么使用您需要的包创建一个新的包。但是，在这样做时，要使conda-forge成为默认之上的优先级通道。

conda create -n rjags_env -c conda-forge r-rjags
conda activate rjags_env
conda config --env --add channels conda-forge

选项2:使用Conda Forge重新创建env

如果您的目标是将rjags添加到现有的env中，并且无法确定需要更改的特定包，则可以使用更新的优先级重新创建env。

首先，将env导出到类似于YAML的

conda env export -n r-env --no-builds > rjags_env.yaml

接下来，编辑这个文件，以便通道部分读到：

name: rjags_env
channels:
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:

最后，创建env的新版本

conda env create -f rjags_env.yaml -n rjags_env

附加说明

我还研究了如何在--update-deps中使用conda install标志，但这迫使env更新到Rv4.0.1，并破坏了r-coda安装。