DEAP进化模块，总是评估整个种群

Question

我试着用DEAP解决一个不确定的问题。问题是，该模块只对新染色体进行评估，并将保留在记忆中的分数用于旧染色体。

我如何设置模块，这样每一代都将评估整个群体，而不仅仅是新的群体？

Thx

Answer 1

您可以在当前选择的算法中修改2-3行，如下面所示，以强制对所有项进行评估。这可以通过从源复制到本地脚本，然后编辑invalid_individual标记的项检查预评估来完成。确保在主要情况下调用本地容易程序而不是algorithms.easimple来切换到本地代码。

例如，如果您使用的是易趣程序或eaMuPlusLambda，您可以在以下文件中找到该函数：https://github.com/DEAP/deap/blob/master/deap/algorithms.py#L85

这里的第0代情况可能不会改变(但无论如何也可以改变，除非您的个人已经具备了健身能力，并且您希望跳过评估)：

#(line 149 in above URL)
invalid_ind = [ind for ind in population if not ind.fitness.valid]

然后在分代过程循环中：

#(line 171 in url above):
invalid_ind = [ind for ind in offspring if not ind.fitness.valid]

删除无效的检查将导致将所有项传递给评估：

invalid_ind = [ind for ind in population] #149
...
invalid_ind = [ind for ind in offspring] #171

但是保持算法的导入！注意，还需要将varAnd(易易用的情况)更改为algorithms.varAnd，以防止中断。

offspring = algorithms.varAnd(offspring, toolbox, cxpb, mutpb)

Answer 2

我不认为DEAP包能做到这一点。您只需自己实现该算法或找到新的包。

无论如何，看看我的图书馆包含了大多数最先进的元启发式算法。它还对每一代人的全部人口进行评估。https://github.com/thieunguyen5991/mealpy