热图输出

Question

我正在使用R heatmaply软件包来生成交互式热图。我喜欢这个软件，但是我想从它中得到我使用pheatmap软件包得到的相同的颜色输出。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：

heatmaply (scale (mtcars))
pheatmap  (scale (mtcars))

有办法这样做吗？提前谢谢。阿图罗

Answer 1

可以使用formals()获取pheatmap()的默认颜色参数。

formals(pheatmap)$color
# colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)

然后将heatmaply()的颜色参数设置为相同的参数：

col <- colorRampPalette(rev(RColorBrewer::brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)
heatmaply(scale(mtcars), colors = col, grid_color = "grey60")

颜色函数brewer.pal()来自于RColorBrewer包，因此您需要在pheatmap().中安装并加载::或library()中的::或library()，这与pheatmap().中的border_color对应。