在“大脑渲染”中，有没有一种方法可以用来标记并阻止大脑倒装？

Question

我使用脑力呈现显示我放置了一些电极的位置。然而，每当我加载大脑时，我的大脑总是会倒转：

脑力呈现

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有办法解决这个问题吗？还是每次我都要手动翻转？

我还想知道是否有人知道如何在头脑渲染的3D图像中显示/添加文本标签？我确实看过这些功能，但据我所知，实际上没有人在大脑区域贴上标签。

标签：

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Answer 1

下面，我已经复制了如何解决问题的重要部分在这里张贴。回答这个问题的所有功劳都归功于BrainRender(FedeClaudi on GitHub)的开发人员。我正在复制他提供给我的团队的关键信息，以防到开发人员的下列链接停止工作：https://github.com/BrancoLab/BrainRender/issues/70

BrainRender工具的开发人员将该工具更新为0.4.0.0版本，允许用户将标签永久添加到大脑区域：

pip install -U brainrender

您还应该使用以下方法进行更新：

https://github.com/BrancoLab/BrainRender.git

关于标签是如何工作的，需要知道一些关键的事情：

• 默认情况下，标签出现在右半球。
• 添加了xoffset、yoffset和zoffset来手动更改标签的位置
• 在与标签位置(可选的)对应的网格点上添加一个彩色球体。

这就是我们如何解决我们的大脑倒装，这只是一个问题发生在木星笔记本：

from vtkplotter import embedWindow

from brainrender.scene import Scene



# Change 1 Disable scene embedding with k3d in vtkplotter

embedWindow(False) 



# Change 2 set jupyter to False when creating the scene

scene = Scene(jupyter=False)



# Populate and render 

scene.add_brain_regions(['MOp', 'MOs', 'VISl', 'VISp', 'RSPagl'], add_labels=True)

scene.add_text('title')

scene.render(camera='top')

开发人员还警告说，“要避免使用import vtkplotter as vtk，因为还有另一个名为vtk的包”。