带缝隙的ggparcoord图

Question

在地球科学中，我们经常使用平行坐标图，其数值标准化为，例如球粒陨石陨石。

当你绘制稀土球粒陨石归一化图时，你绘制了所有的稀土元素(La，Ce，Pr，Nd，Pm，Sm，Eu，Gd，Tb，Dy，Ho，Er，Tm，Yb，Lu)。然而，由于Pm的半衰期很短，您不能对此元素进行分析。尽管如此，在REE球粒陨石图中，你仍然包括Pm，但没有数据。这条线还贯穿着它。这是为了让您可以很容易地比较您的模式和其他模式。下面是一个例子：谷歌搜索的第一张图片

我想制作一个类似的情节，但我想不出如何“跳过”下午在我的情节中留下一个空白的数据点，但仍然有一行贯穿的差距。

下面是一个示例：

Sample <- c("sample1", "sample2")
Pr <- c(1,5)
Nd <- c(2,4) 
Pm <- c(NA,NA)
Sm <- c(3,3)
Eu <- c(4,2)

df <- data.frame(Sample, Pr, Nd, Pm, Sm, Eu)

我现在想以以下方式绘制平行坐标图：

ggparcoord(df, columns = 2:6, showPoints=TRUE, scale="globalminmax")

但是，由于我的数据文件中有_NA_s，所以它不能使用scale="globalminmax“。

你知道我怎么还能生成一个平行坐标图并保持在这个图中吗？

编辑：

一个有3个样本的例子，分为2组：

Sample <- c("sample1", "sample2","sample3")
grouping <- c("gr1","gr2","gr1")
Pr <- c(1,5,1)
Nd <- c(2,4,1) 
Pm <- c(NA,NA,NA)
Sm <- c(3,3,1)
Eu <- c(4,2,1)

df <- data.frame(Sample, grouping, Pr, Nd, Pm, Sm, Eu)

线条和数据点应根据“分组”着色，而线条只应连接单个样本。

Answer 1

所以这不是普通的，而是基本的ggplot2，但我认为这大概是我解释你对情节描述的方式。

# Wide to long format
df2 <- reshape2::melt(df, id.vars = "Sample")
# Omit NAs
df2 <- df2[!is.na(df2$value),]

ggplot(df2, aes(variable, value, colour = Sample, group = Sample)) +
  geom_point() +
  geom_line() +
  # Set limits to keep 'Pm' in axis
  scale_x_discrete(limits = levels(df2$variable))

​

​

编辑:要加入分组，你可以。在本例中，我不知道您将对哪个变量进行着色，在下面的示例中，您可以随意交换colour和group美学。

df2 <- reshape2::melt(df, id.vars = c("Sample", "grouping"))
df2 <- df2[!is.na(df2$value),]

ggplot(df2, aes(variable, value, colour = grouping, group = Sample)) +
  geom_point() +
  geom_line() +
  scale_x_discrete(limits = levels(df2$variable))