如何重命名文件的一部分

Question

我要重命名文件名的一部分，因为这个结构是在getfile中硬编码的。

我有包含ltQCs、sQCs和示例的代谢组学mzML文件，但是文件名有不同的长度( 6 ,6,7).I试图运行XCMS，但它只选择ltQCs和sQCs，因为该结构被硬编码为6。如何更改文件名的结构请参见下面的示例：

2020-02-02_B1W1_RP_NEG_P7_A20_001.mzML (结构为7)到2020-02-02_B1W1_RP_NEG_P7A20_001.mzML (结构为6)

我强调了我想要改变的部分。如果这是不可能的，可能通过添加一个字母或数字来重命名ltQCs和sQCs可能更容易，因此我得到了7的结构，然后将getfile中的结构更改为7。

希望有人能帮忙，谢谢：)

最好的

Answer 1

可以使用gsub使用正则表达式更改文件名，该表达式删除倒数第二个下划线。

my_regex <- "(_)([[:alnum:]]{3}_[[:alnum:]]{3}[.]mzML)"
my_filename <- "2020-02-02_B1W1_RP_NEG_P7_A20_001.mzML"
gsub(my_regex, "\\2", my_filename)
#> [1] "2020-02-02_B1W1_RP_NEG_P7A20_001.mzML"

所以你可以做这样的事

rename_mzMLs <- function(directory)
{
  filenames <- list.files(directory, pattern = ".mzML")
  my_regex <- "(_)([[:alnum:]]{3}_[[:alnum:]]{3}[.]mzML)"
  new_filenames <- gsub(my_regex, "\\2", filenames)
  file.rename(filenames, new_filenames)
}

并通过做

rename_mzMLs("C:/path/to/mzML/files/")

显然，我无法测试这一点，因为我没有任何mzML文件，所以请确保在运行此函数之前备份您的文件！