当编写.Rmd文件(Raspbian)时，Pandoc会导致问题。

Question

本项目的目的是在参与者一天填写几次问卷后，对他们的日常结果呈现出好看的视觉效果。

我决定使用R来计算数据，使用Rmarkdown来获得可视化。这一切都应该发生在树莓派。我使用一个PHP文件在webserver (Raspberry)上创建一个.csv文件(其中包含参与者的问卷调查数据)。这个PHP文件还应该运行一个Rscript，然后运行rmarkdown命令，如下所示：

rmarkdown::render(input = "Testplot.Rmd", output_file = paste0("results_", ID, ".html"), params = (list(ID = ID)))

因此，如果我手动(通过SSH)运行Rscript，那么一切都会按原样运行，results_ID.html就会正确生成。

现在的问题是:如果参与者填写问卷并提交数据，则PHP使用exec("Rscript /var/www/html/cmdRmd.R, $ID")运行Rscript，而我总是收到Pandoc生成的错误消息：

with_pandoc_safe_environment(system(paste(shQuote(path)，“--version”中的

错误)，：在运行之前必须设置'HOME‘环境变量。电话：..。-> get_pandoc_version -> with_pandoc_safe_environment。执行暂停

我的猜测是，这与apache的www数据用户有关(在通过问卷调查提交数据时将使用它)。但我不知道如何为www-data用户设置一个“HOME”环境变量。

有谁知道如何解决这个问题吗？

Answer 1

您可以像Sys.setenv(HOME="/home/YOURHOME/"一样在R中设置您的环境。确保它与您的shell中的echo $HOME相对应。