我如何将数据：：Dumper和Statistics：：多样性：：Shannon合并成一个完整的循环？

Question

我想把这两个函数组合在一起，得到香农多样性指数。

能做什么呢？

第一个函数是使用Data::Dumper来获得唯一的数字。

#!perl 

use warnings;
use strict;
use Data::Dumper;

$Data::Dumper::Sortkeys=1;    
my @names = qw(A A A A B B B C D);    
my %counts;
$counts{$_}++ for @names;    
printf "\$VAR1 = { %s};\n",       
join ' ',           
map "$_ ",             
sort { $b <=> $a }                
values(%counts);                
exit; 

这是输出

$VAR1 = { 4 3 1 1 };

然后我可以把它输入到第二个函数中。

第二个函数是利用Statistics::Diversity::Shannon求出香农多样性指数。

#!perl

use warnings;   
use strict;    
use Statistics::Diversity::Shannon;

my @data = qw( 4 3 1 1 );    
my $d = Statistics::Diversity::Shannon->new( data => \@data );    
my $H = $d->index();    
my $E = $d->evenness();    
print "$d/$H/$E";    
exit;

如何利用原始数据集(A、B、C、D)求出Shannon多样性指数，将这两个函数组合成一个完整的循环。

Answer 1

Data::Dumper是一个调试工具，而不是序列化工具。至少不是个好主意。

但您甚至没有使用数据：：Dumper。你在用更糟糕的东西。

让我们首先使用一些可以接受的东西，比如JSON。

#!/usr/bin/perl 

use strict;
use warnings;

use Cpanel::JSON::XS qw( encode_json );

{
   my @names = qw( A A A A B B B C D );

   my %counts; ++$counts{$_} for @names;
   my @data = sort { $b <=> $a } values(%counts);

   print encode_json(\@data);
}

(注意，sort { $b <=> $a }似乎并不是必需的。)

这是一种读回来的方法：

#!/usr/bin/perl 

use strict;
use warnings;

use Cpanel::JSON::XS               qw( decode_json );
use Statistics::Diversity::Shannon qw( );

{
   my $json = do { local $/; <> };
   my $data = decode_json($json);

   my $d = Statistics::Diversity::Shannon->new( data => $data );
   my $H = $d->index();
   my $E = $d->evenness();

   print "$H/$E\n";
}

上面，当你说“合并成整个循环”时，我以为你是“一起工作”。

另一方面，也许你的意思是“合并成一个文件”。如果是这样的话，那么您可以使用以下方法：

#!/usr/bin/perl 

use strict;
use warnings;

use Statistics::Diversity::Shannon qw( );

{
   my @names = qw( A A A A B B B C D );

   my %counts; ++$counts{$_} for @names;
   my @data = values(%counts);

   my $d = Statistics::Diversity::Shannon->new( data => \@data );
   my $H = $d->index();
   my $E = $d->evenness();

   print "$H/$E\n";
}

Answer 2

您的第一个代码段没有正确使用Data::Dumper。Data::Dumper主要提供一个函数Dumper，它以可以解释为Perl代码的格式输出任何数据。

# instead of  printf "\$VAR1 = ...
print Dumper([values %counts]);

由于Data::Dumper::Dumper的输出是Perl代码，所以您可以通过将其计算为Perl代码(使用eval)来读取它。

因此，如果第一个脚本将输出写入名为some.data的文件，则第二个脚本可以调用

my $VAR1;
open my $fh, "<", "some.data";
eval do { local $/; <$fh> };      # read data from $fh and call  eval  on it
# now the data from the first script is in $VAR1
my $d = Statistics::Diversity::Shannon->new( data => $VAR1 );
...