plink:未知选项“-file”/-freq“/-out”

Question

我是Plink的新人。我运行Plink 1.9在我的mac通过以下网站教程。为什么这些基本的选择是未知的？

在这里输入图像描述

有以下代码：

gongjingwen@gongjingwendeMacBook-Pro ~ % cd ~ /Users/gongjingwen/plink_mac 
~/plink_mac
gongjingwen@gongjingwendeMacBook-Pro plink_mac % ./plink
PLINK v1.90p 64-bit (30 Nov 2019)              www.cog-genomics.org/plink/1.9/
(C) 2005-2019 Shaun Purcell, Christopher Chang   GNU General Public License v3

  plink <input flag(s)...> [command flag(s)...] [other flag(s)...]
  plink --help [flag name(s)...]

Commands include --make-bed, --recode, --flip-scan, --merge-list,
--write-snplist, --list-duplicate-vars, --freqx, --missing, --test-mishap,
--hardy, --mendel, --ibc, --impute-sex, --indep-pairphase, --r2, --show-tags,
--blocks, --distance, --genome, --homozyg, --make-rel, --make-grm-gz,
--rel-cutoff, --cluster, --pca, --neighbour, --ibs-test, --regress-distance,
--model, --bd, --gxe, --logistic, --dosage, --lasso, --test-missing,
--make-perm-pheno, --unrelated-heritability, --tdt, --dfam, --qfam, --tucc,
--annotate, --clump, --gene-report, --meta-analysis, --epistasis,
--fast-epistasis, and --score.

"plink --help | more" describes all functions (warning: long).
gongjingwen@gongjingwendeMacBook-Pro plink_mac % plink --file toy --freq --out toy_analysis
plink: unknown option "--file"
plink: unknown option "--freq"
plink: unknown option "--out"

请告诉我如何解决它，谢谢！

Answer 1

我认为这里的问题是有两个不同的程序叫做plink

1. 命令行连接实用程序褶皱
2. GWAS工具包褶皱

通过调用plink，您将执行第一个命令，要运行第二个命令，您需要调用./plink (注意点和斜杠)。

因此，在您的示例中，以下命令应该可以工作：

./plink --file toy --freq --out toy_analysis