不适用于ffbase包的基本示例

Question

我正在尝试使用SelfControlledCaseSeries包的OHDSI:s版本，它利用ff包来处理大数据。但是ffwhich函数不起作用。运行ffwhich文档中提供的以下示例：

install.packages("ff")
install.packages("ffbase")
x <- ff::ff(10:1)
idx <- ffbase::ffwhich(x, x < 5)

给我

Error in if (by < 1) stop("'by' must be > 0") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning message:
In chunk.default(from = 1L, to = 5L, by = c(integer = 46116860184273880),  :
  NAs introduced by coercion to integer range

我尝试过将batchbytes设置为更小的东西，在另一台计算机上运行脚本，并更改了储存ff文件的位置，但错误仍然存在。

options("ffbatchbytes"=  getOption("ffmaxbytes")/2)
options(fftempdir="C:/Users/OskarG/Desktop/ff_files")

有什么办法解决这个问题吗？

Answer 1

在包的git轮毂上也报告了类似的错误。似乎是操作系统的问题(Windows 10?)。@jwijffels在评论中提供了原因：

我自己还没有windows 10机器，但问题显然来自ff：：which，即来自ff::chunk.ff_vector，定义如下 相关部分为:B <- BATCHBYTES%/%RECORDBYTES。这种计算显然在您的机器上给出了23058430092136940，原因超出了我的理解(考虑到您报告它在Rgui上工作，而在RStudio上不起作用)。 您可能可以通过将选项ffbatch字节更改为类似于此选项(ffbatch字节= 84882227)来解决这一问题--这是我在我的oldskool windows 7上的数字。

我能够复制您的错误并使用上述建议进行更正：

library("ff")
library("ffbase")

options(ffbatchbytes = 84882227) #add this line in

x <- ff::ff(10:1)
idx <- ffwhich(x, x < 5)

x[idx][]

[1] 4 3 2 1 #output