python中给定mrna序列的密码子计数

Question

这是我一直试图使用的代码，但它不能正常工作：

mrna = input("Please enter mRNA sequence: ")
start = mrna.find('AUG')
if start != -1:
    while start + 2 < len(mrna):
        codon = mrna[start:start + 3]
        if codon == "UAA": 
            break
        print(codon)
        start += 3

预期起始密码子：AUG

预期停止密码子：UAA或UAG或UGA，例如：

input = "AUGUGA"
output = 1

input = "GAGAUGUUGGUUUAA"
output = 3

我真的不知道怎么回事。

Answer 1

您在代码中的任何位置都不会显示数字。密码子数为末端与起始指数之差，层除以3。

你可以用发电机帮你检查密码。

mrna = input("Please enter mRNA sequence: ")
start = mrna.find('AUG')
if start != -1:
    end, last = next((x, mrna[x:x + 3] for x in range(start + 3, len(mrna) - 3, 3) if mrna[x:x + 3] in ('UAA', 'UAG', 'UGA')), (len(mrna), 'end'))
    print(f'{(end - start) // 3} codons between AUG and {last}')
else:
    print('AUG not found')

生成器(x, mrna[x:x + 3] for x in range(start + 3, len(mrna) - 3, 3) if mrna[x:x + 3] in ('UAA', 'UAG', 'UGA'))遍历从索引start + 3到末尾的所有密码子，并生成与('UAA', 'UAG', 'UGA')中任何内容匹配的密码子以及索引。next通常返回迭代器的下一个(第一个)元素。对于第二个参数，它以哨兵的形式返回额外的参数，而不是在迭代器运行完时引发StopIteration。//是截断除法操作符，所以即使len(mrna)与start之间的倍数不是3的倍数，它也能正确工作。