`knitr_out、`file_out`和`vis_drake_graph`在R:drake中的用法

Question

我正在努力理解如何在knitr_out、file_out和vis_drake_graph中正确地使用drake。

我有两个问题。

Q1:使用knitr_out和file_out创建markdown报表

虽然这样的代码对我的一个较小的项目是正确的：

make_hyp_data_aggregated_report <- function() {
        render(
                input = knitr_in("rmd/hyptest-is-data-being-aggregated.Rmd"),
                output_file = file_out("~/projectname/reports/01-hyp-test.html"),
                quiet = TRUE
        )
}

plan <- drake_plan(
        ...
        ...
        hyp_data_aggregated_report = make_hyp_data_aggregated_report()
        ...
        ...
) 

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在我的大型项目(使用~10+报告)中，完全类似的代码不能完全正常工作。也就是说，在构建报表时，knitr_in对象不会被显示为图形中的蓝色方块，在我的大型项目中使用drake::vis_drake_graph()。

两个项目都使用标记内的drake::loadd(....)从缓存中获取对象。

在vis_drake_graph中有一些代码可以在图形繁忙时删除这些方块吗？

Q2：vis_drake_graph中的file_out对象

是否有一种方法可以将file_out对象本身显示为vis_drake_graph中的圆圈/方块

Q3:显示在vis_drake_graph中的包

是否有办法避免vis_drake_graph显式打印包？(基本上所有与::有关的内容)

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Answer 1

Q1

每个文本文件路径都需要自己的knitr_in()或file_out()。如果您有一个带有一个knitr_in()的函数，即使您多次使用该函数，这仍然只能算作一个文件路径。我建议在计划级别编写这些关键字。

plan <- drake_plan(
  r1 = render(knitr_in("report1.Rmd"), output_file = file_out("report1.html")),
  r2 = render(knitr_in("report2.Rmd"), output_file = file_out("report2.html")),
  r3 = render(knitr_in("report3.Rmd"), output_file = file_out("report3.html"))
)

Q2

除非在show_output_files = FALSE中设置vis_drake_graph()，否则它们应该出现。

Q3

没有，但如果这是安慰的话，我很遗憾决定在drake中跟踪命名空间函数和对象。drake的方法从根本上说是跟踪包的次优方法，而I 如果有机会进行一轮彻底的改变，计划把它处理掉。，否则，除了vis_drake_graph(targets_only = TRUE)之外，就没有办法摆脱它，因为vis_drake_graph(targets_only = TRUE)也处理掉了图中的所有导入。