循环遍历文件以查找字符串，并将包含该字符串的文件发送到bash中同名的目录。

Question

我有一个具有~500个文件的父目录，每个文件名都以cert开头，即cert-104.mol2、cert-105.mol2等等。这些cert文件中的每一个都包含一个七个数字标识符，即7988114。有20个唯一的七个数字标识符。我已经创建了一个目录(unique_ligands)，其中包含每个唯一标识符的目录，即一个名为7988114的目录。在每个目录中都有一个带有标识符名称的.mol2文件，即7988114.mol2。总之，文件结构如下所示：

/parent/unique_ligands/7988114/7988114.mol2

其中7988114是~20个唯一标识符之一。

在具有~500个文件的父目录中，我需要循环遍历每个cert文件，选择唯一的七个数字标识符，并将其发送到相应的identifier.mol2文件。作为一个开始抨击，我不知道如何处理这一点。我为单个标识符( 7988114 )编写了执行此过程的代码

find . -type f -name 'cert*' -exec grep -q '7988114' {} ';' -exec cp {} ./unique_ligands/7988114 ';'
cd unique_ligands/7988114
bash -c 'cat $(for((i=0;i<10000;i++)); do echo -n "cert-${i}.mol2 "; done) > zzz.txt 2> ./null'
mv zzz.txt 7988114.mol2
rm null
rm cert*

我如何将其转换为能够识别任意七个数字标识符的循环？或者有什么更好的方法来解决这个问题？

编辑

为了澄清我上面的示例代码中的每一行都做了什么：

find ...本行搜索以文件名cert开头的所有~500个文件，并选择其内容包含字符串7988114的文件，并将它们复制到正确的7988114目录中。每个cert文件包含大约100行分子坐标、电荷信息等等。

bash -c ...这一行遍历复制到7988114目录中的每个cert文件，并将文件内容添加到一个新的文本文件zzz.txt中。每个cert文件都被命名为cert-1.mol2、cert-2.mol2等。对我来说，最关键的是，这一行搜索从1到10,000的上限的每个cert文件，并按顺序将它们添加到zzz.txt。我发现的其他示例要么没有按顺序进行搜索，要么在查看cert-1*文件之前遍历cert-2*文件。

由于某些原因，不允许我在上面创建一个mv zzz.txt 7988114.mol2文件，所以我在这里创建了它

Answer 1

这里有一个方法，我想出了如何回答我自己的问题(在上面用户的帮助和启发下--谢谢！)

ls -l | grep ^d | awk '{print $9}' > list_of_ligands.txt
mv list_of_ligands.txt ..

cd ..

while read NAME
do
        echo "$NAME"
        grep -l "$NAME" cert* | while read -r filename ; do
        cp $filename unique_ligands/$NAME
        cd unique_ligands/$NAME
        bash -c 'cat $(for((i=0;i<10000;i++)); do echo -n "cert-${i}.mol2 "; done) > zzz.txt 2> ./null'
        mv zzz.txt $NAME.mol2
        rm null
        rm cert*
        cd ../..
done
done < list_of_ligands.txt

正如我在最初的问题中提到的，我以前为每个7个数字标识符创建了一个目录。ls -l行选择目录名并创建目录名称的垂直列表(同样，目录名只是我拥有的每个7个数字标识符)。

两个while循环遍历我所拥有的每个7个数字标识符，并执行我在最初问题中提到的命令。