炼铁网位移的存取方法

Question

用吡啶，我想要计算在我的系统中离子的均方位移。我如何看待总位移(即不被周期性边界条件折回)，而不经常倾倒和检查一个原子何时经过边界并被包裹？

Answer 1

尝试比较job['output/generic/unwrapped_positions'][-1]和job.structure.positions+job.output.total_displacements[-1]。如果他们提供相同的价值，这肯定是好的两种方式。如果没有，你可以在你的笔记本上张贴相关的行在这里。

Answer 2

我想对简的回答补充几点意见：

job['output/generic/unwrapped_positions']返回从输出文件中解析的未包装位置，而job.output.total_displacements则返回从每一对连续快照中计算出的原子位移。因此，如果原子在任意方向移动超过盒长的一半，job.output.total_displacements就会给出错误的坐标。因此，job['output/generic/unwrapped_positions']通常更值得信赖，但并非所有代码都可用(因为有些代码根本不为未包装的位置提供输出)。

此外，如果使用交互式作业，job.structure.positions可能不会返回初始位置，即job.structure.positions+job.output.total_displacements不会是初始位置+位移。

因此，简而言之，我对您的问题的回答应该是“使用job['output/generic/unwrapped_positions']，如果它不可用，请使用job.structure.positions+job.output.total_displacements，但要注意您可能遇到的潜在问题”。