如何修复“模型不包含SBML fbc包信息”。

Question

我正在尝试使用SBML包来模拟一些模型。模型似乎运行得很好，但我一直收到这些警告。“模型不包含SBML fbc包信息。cobrapy不支持SBML包'layout‘，未分析信息SBML包'render’，不分析信息”

Answer 1

您看到的只是警告，您没有使用SBML fbc包来编码基于约束的模型信息。很可能所有的信息，如通量界限和目标函数，都在你的模型中，但以遗留格式(例如，COBRA格式)。使用fbc将模型更新到SBML L3的一种可能方法是使用cobrapy导入和导出，即

from cobra.io import read_sbml_model, write_sbml_model
model = read_sbml_model(input_path)
write_sbml_model(model, output_path)

导出使用最新版本的fbc。

关于包的警告只是指示在cobrapy中没有使用相应的信息，即，布局和渲染信息当前都没有在cobrapy的上下文中被解析或使用。

StackOverflow不是一个最好的讨论相关问题的论坛。https://github.com/opencobra/cobrapy/issues上的最佳帖子问题和https://groups.google.com/forum/#!forum/cobra-pie上的类似问题

免责声明:我是cobrapy SBML解析器的作者。