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社区首页 >问答首页 >打印匹配线和上面与另一个图案匹配的行

打印匹配线和上面与另一个图案匹配的行
EN

Stack Overflow用户
提问于 2020-01-30 13:00:29
回答 2查看 92关注 0票数 0

我有一个带有特定ID的文件。

代码语言:javascript
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ID.txt
aaa
bbb
ccc

我还有一个类似于File.txt的文件

代码语言:javascript
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Query: ABC1
aaa
abc
bbb
ccc
Query: CAB1
bbb
ccc
abc
Query: CBB1
ass
aaa
bbc

**Expected output:**
Query: ABC1
aaa
bbb
ccc
Query: CAB1
bbb
ccc
Query: CBB1
aaa

实际例子:

代码语言:javascript
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**IDs**
    LYSC_CHICK
    LACB_BOVIN
    B5B0D4_BOVIN
    DEF1_ARAHY
    DEF2_ARAHY
    DEF3_ARAHY
    TRFL_BOVIN
    Q0PKR4_ARAHY
    Q0GM57_ARAHY
    Q647G5_ARAHY
    Q6JYQ7_HEVBR
    AMP2_FAGES

**File**
    Query: PROKKA_00022 hypothetical protein - 36 aa
    Hit: AMP1_FAGES UniProt Fag e 4 UniProt P0DKH7 http://www.u
     100.0% identity
    Hit: AMP2_FAGES UniProt Fag e 4 UniProt P0DKH8 http://www.u
     100.0% identity
    Hit: O49860_HEVBR UniProt Hev b 6 UniProt O49860 http://www
     100.0% identity
    Hit: Q6JYQ7_HEVBR UniProt Hev b 6 UniProt Q6JYQ7 http://www
     100.0% identity
    Hit: HEVE_HEVBR UniProt Hev b 6 UniProt P02877 http://www.u
    Query: PROKKA_00572 hypothetical protein - 36 aa
    Hit: AMP1_FAGES UniProt Fag e 4 UniProt P0DKH7 http://www.u
     100.0% identity
    Hit: AMP2_FAGES UniProt Fag e 4 UniProt P0DKH8 http://www.u
     100.0% identity
    Hit: O49860_HEVBR UniProt Hev b 6 UniProt O49860 http://www
     100.0% identity
    Hit: Q6JYQ7_HEVBR UniProt Hev b 6 UniProt Q6JYQ7 http://www
     100.0% identity
    Query: PROKKA_01572 hypothetical protein - 36 aa
    Hit: AMP1_FHYES UniProt Fag e 4 UniProt P0DKH7 http://www.u
     100.0% identity
    Hit: AMX5_FAGES UniProt Fag e 4 UniProt P0DKH8 http://www.u
     100.0% identity
    Hit: O87860_HLLBR UniProt Hev b 6 UniProt O49860 http://www
     100.0% identity
    Hit: JHYYQ7_HEVBR UniProt Hev b 6 UniProt Q6JYQ7 http://www
     100.0% identity

**Expected output:**

    Query: PROKKA_00022 hypothetical protein - 36 aa
    Hit: Q6JYQ7_HEVBR UniProt Hev b 6 UniProt Q6JYQ7 http://www
    Hit: AMP2_FAGES UniProt Fag e 4 UniProt P0DKH8 http://www.u
    Query: PROKKA_00572 hypothetical protein - 36 aa
    Hit: Q6JYQ7_HEVBR UniProt Hev b 6 UniProt Q6JYQ7 http://www
    Hit: AMP2_FAGES UniProt Fag e 4 UniProt P0DKH8 http://www.u

我需要在循环中完成这个任务吗?我试过这样的方法,但运气不佳:

代码语言:javascript
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for i in `cat ID.txt`
do 
   awk '/Query/{bar=$2} /"$i"/{print bar}' File.txt > output.txt
done

(原员额更新,以反映预期的实际产出)。非常感谢你的帮助。02-01-2020更新,包括ID和文件以及预期输出文件的其他详细信息)

EN

回答 2

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2020-01-30 13:11:52

你能试一下吗。

代码语言:javascript
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awk '
FNR==NR{
  a[$1]
  next
}
/^Query/ || $0 in a
' id.txt file.txt

输出如下。

代码语言:javascript
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Query: ABC1
aaa
bbb
ccc
Query: CAB1
bbb
ccc
Query: CBB1
aaa
票数 2
EN

Stack Overflow用户

发布于 2020-02-01 10:41:18

对于那些对@RavinderSingh13感兴趣的人来说,答案是正确的,只是对@EdMorton所述的一个小改动进行了一个实际的例子:

代码语言:javascript
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awk '
FNR==NR{
  a[$1]
  next
}
/^Query/ || $2 in a
' IDs File

另一个输出的“查询”行列表中没有所需的匹配ID。因此,我使用了以下方法来删除其他行:

代码语言:javascript
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 awk '
    FNR==NR{
      a[$1]
      next
    }
    /^Query/ || $2 in a
    ' IDs File | grep -B 1 'Hit: ' | grep -v '^--' > output_file
票数 -1
EN
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/59986630

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