Pydicom私有标记显示为“UN”

Question

当我读到一个字典文件时，所有的私人标签都会出现在“UN”的虚拟现实中，而不是它们应该是什么。

import pydicom
filename = 'H:\Fuji.dcm'
ds = pydicom.dcmread(filename)
print(ds)

给出的输出为：

...
(0009, 0010) Private Creator                     LO: 'FDMS 1.0'
(0009, 1005) [Image UID]                         UN: b'\x1d\xa6h\x12\x08\x07pZ\x0f9\x0e\xc2'
(0009, 1006) [Route Image UID]                   UN: b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
(0009, 1008) [Image Display Information Version  UN: b'\x00\x00\x00\x00'
(0009, 1009) [Patient Information Version No.]   UN: b'\x00\x00\x00\x00'
(0009, 100c) [Film UID]                          UN: b'\x1d\xa6h\x12\x08\x07pZ\x0f9\x0e\xc2'
(0009, 1010) [Exposure Unit Type Code]           UN: b'F3'
(0009, 1080) [Kanji Hospital Name]               UN: None
(0009, 1090) [Distribution Code]                 UN: b'MAINPACS'
(0009, 10f0) [Blackening Process Flag]           UN: b'01'
(0009, 10f1) [Processing Information Flag]       UN: b'0001'
(0009, 10f2) Private tag data                    UN: b'01'
(0009, 10f3) Private tag data                    UN: b'01'
(0009, 10f4) Private tag data                    UN: b'01'
...

如果我尝试用以下方式手动添加它们，这种情况不会改变：

pydicom.datadict.add_private_dict_entries('FDMS 1.0', 
                                          {0x00090005:('OW','1','Image UID'),
                                           0x00090006:('OW','1','Route Image UID'),
                                           0x00090008:('UL','1','Image Display Information Version No.'),
                                           0x00090009:('UL','1','Patient Information Version No.'),
                                           0x0009000c:('OW','1','Film UID'),
                                           0x00090010:('CS','1','Exposure Unit Type Code'),
                                           0x00090080:('LO','1','Kanji Hospital Name'),
                                           0x00090090:('ST','1','Distribution Code'),
                                           0x000900F0:('CS','1','Blackening Process Flag'),
                                           0x000900F1:('ST','1','Processing Information Flag'),
                                           0x000900F2:('CS','1','Normalization Flag'),
                                           0x000900F3:('CS','1','Tone characteristic'),
                                           0x000900F4:('CS','1','Window Value Fixed Flag'),
                                           })
print(ds)

它正确地提取了丢失标签的描述，但仍然不会改变联合国的VR：

...
(0009, 0010) Private Creator                     LO: 'FDMS 1.0'
(0009, 1005) [Image UID]                         UN: b'\x1d\xa6h\x12\x08\x07pZ\x0f9\x0e\xc2'
(0009, 1006) [Route Image UID]                   UN: b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
(0009, 1008) [Image Display Information Version  UN: b'\x00\x00\x00\x00'
(0009, 1009) [Patient Information Version No.]   UN: b'\x00\x00\x00\x00'
(0009, 100c) [Film UID]                          UN: b'\x1d\xa6h\x12\x08\x07pZ\x0f9\x0e\xc2'
(0009, 1010) [Exposure Unit Type Code]           UN: b'F3'
(0009, 1080) [Kanji Hospital Name]               UN: None
(0009, 1090) [Distribution Code]                 UN: b'MAINPACS'
(0009, 10f0) [Blackening Process Flag]           UN: b'01'
(0009, 10f1) [Processing Information Flag]       UN: b'0001'
(0009, 10f2) [Normalization Flag]                UN: b'01'
(0009, 10f3) [Tone characteristic]               UN: b'01'
(0009, 10f4) [Window Value Fixed Flag]           UN: b'01'
...

在我尝试过的所有临床dicom文件中，这似乎都是一致的行为，无论是在读取dicom文件之前还是之后添加条目都没有什么区别。

我在本例中使用的文件如下：

-6SsKK/view?usp=共享

谢谢你能提供的任何帮助。

未来任何人的：

我将以下来自MrBean不来梅的代码与来自pydicom.values.convert_values的一些代码组合起来，以获得以下函数以代替dcmread：

def dcmread_convert_private(filename):
    ds = pydicom.dcmread(filename)
    for e in ds:
        if e.tag.is_private and e.VR == 'UN':
            try:
                index = (e.tag.element >> 12) - 1
                if index >= 0:
                    private_creators = ds.private_creators(e.tag.group)
                    if len(private_creators) > index:
                        private_creator = private_creators[index]
                        e.VR = pydicom.datadict.private_dictionary_VR(e.tag, private_creator)
                        # Following code taken from pydicom.values.convert_value
                        if e.value:
                            if isinstance(pydicom.values.converters[e.VR], tuple):
                                converter, num_format = pydicom.values.converters[e.VR]
                            else:
                                converter = pydicom.values.converters[e.VR]
                                num_format = None
                            byte_string = e.value
                            is_little_endian = ds.is_little_endian
                            is_implicit_VR = ds.is_implicit_VR
                            if e.VR in pydicom.charset.text_VRs or e.VR == 'PN':
                                e.value = converter(byte_string)
                            elif e.VR != "SQ":
                                e.value = converter(byte_string,
                                                  is_little_endian,
                                                  num_format)
                            else:
                                e.value = convert_SQ(byte_string,
                                                   is_implicit_VR,
                                                   is_little_endian,
                                                   e.value)
            except KeyError:
                pass
    return ds

我只在几个dicom文件上测试过这一点，所以可能有些情况没有得到正确的处理。如果我遇到任何问题，我会记得回到这里，并在我修复后更新它。

Answer 1

问题是标签已经写入文件中为UN，并保存为显式VR。我猜想它最初被写为隐式VR，后来被转换为显式VR --在此转换过程中，所有未知的私有标记都将UN作为VR。

在pydicom中不处理私有标记注册和文件重读的情况-- UN的情况只对非私有标记进行处理。所以你在这里运气不好。

我认为这是可以添加到pydicom中的东西--我不确定这是否会是性能上的问题，但是提出一个相应的问题是有意义的(您可以自己来做，或者如果您愿意的话我可以这样做)。

下面是一个快速而肮脏的实现，用于在读取数据集中的标记后转换它：

from pydicom import dcmread
from pydicom.datadict import private_dictionary_VR

ds = dcmread('xxx.dcm'))
for e in ds:
    if e.tag.is_private and e.VR == 'UN':
        try:
            index = (e.tag.element >> 12) - 1
            if index >= 0:
                private_creators = ds.private_creators(e.tag.group)
                if len(private_creators) > index:
                    private_creator = private_creators[index]
                    e.VR = private_dictionary_VR(e.tag, private_creator)
        except KeyError:
            pass
print(ds)

更新：

这是在pydicom问题中处理的，并且可以从pydicom2.2发行版中获得。